迁地保护已经成为很多濒危物种的最后避难所。黑龙江省横道河子猫科动物繁殖中心和哈尔滨虎林园东北虎种群是由同一建群者发展而来，是世界上最大的东北虎饲养基地，是我国东北虎保护计划的重要内容。解决目前种群血缘关系不清的问题、建立科学的遗传谱系和研究遗传多样性现状，对制定科学繁殖措施和保护策略，具有重要的意义。 本文利用家猫的18个微卫星位点，在东北虎DNA基因组中进行扩增得到6对(Fca005、Fca075、Fca094、Fca152、Fca161、Fca294)引物具有较明显的多态性。同时，利用苏门答腊虎的微卫星序列设计了8对引物，在东北虎DNA基因组中扩增有4对(Pti002、Pti003、Pti007、Pti010)具有明显的多态性。在26对引物中，多态位点百分率为38.5％。同时，将苏门答腊虎与东北虎的微卫星序列进行了同源性比较，表明两者具有较高的同源性，说明了微卫星两侧序列具有高度保守性，而核心序列具有高度多态性。是适合于在物种间相互扩增的。 利用筛选到的10个多态性微卫星位点，成功地对46只(15胎)父子关系不清的东北虎进行了亲子鉴定。同时计算了各个位点的非父排除概率处于0.198～0.461之间，累积非父排除概率达到99.1％。 在113只东北虎样品中，10个微卫星位点共得到41个等位基因，其中Fca152最多，有6个等位基因。根据位点的等位基因频率，计算了各个位点的基因杂合度、多态信息含量和有效等位基因数及其平均值。基因杂合度处于0.385～0.707，平均为0.616；多态信息含量处于0.353～0.658，平均为0.558，表明10个位点大多具有高度多态性，而且种群具有较好的遗传多样性。同时发现，基因杂合度与多态信息含量具有一定的正相关性。 本研究中，利用微卫星标记技术与非损伤性DNA分析结合的方法进行了大批量的个体分析，通过血液样品与毛发样品的比较，发现均可得到理想的结果。该方法具有高灵敏度、操作简单、非损伤等特点，解决了珍稀濒危物种和性情凶猛动物难于取样，无法进行大规模研究的难题。 同时对横道河子猫科动物繁殖中心与哈尔滨东北虎林园饲养东北虎的种群现状进行了分析探讨，表明我国东北虎的饲养技术已经成熟。同时发现东北虎林园的平均近交系数(0.1056)比横道河子的平均近交系数(0.0297)要高得多。 最后对保持种群遗传多样性的原则和方法进行了探讨。为了避免或减少近亲交配和保持遗传多样性，应该遵循平等原则、交换原则、引进野外个体、延长代时和完善种群血统记录薄等原则和方法。