水资源在我国是相对稀缺的基础性自然资源和战略性经济资源，水资源短缺问题已经成为制约国民经济可持续发展的瓶颈。水权制度的建立，既有利于水资源节约与保护等合理提高用水效率措施的推行，又是水价真正走向市场化管理的基础。本文在国内外相关研究的基础上，就面向区域的初始水权配置及交易模式问题，进行了较为深入的研究和探讨。 (1)对美国、英国等一些发达国家以及智利、墨西哥等一些发展中国家的水资源管理体制、水权分配制度、水权交易制度与水权价格制度等进行了比较分析，得出：我国应立足于水资源所有权和使用权的分离，进行水权制度创新，重点是明晰水权；水权交易制度是一种比较成熟和可行的水权制度，可以避免水资源利用中的“市场失灵”和“政府失灵”问题。 (2)关于区域初始水权配置，重点研究选择何种区域水权配置模式，才能使其效率达到最大化。着重分析了区域水权配置的三种模式，并比较了三种配置的效率，构建了水权配置模式图。从初始水权配置要实现公平、环境和效率等基本原则出发，提出三步合成法，以实现三方面的兼顾。 (3)对水权交易市场和交易制度进行了构建，并对拍卖理论下水权交易形成制度的具体运作进行了剖析，重点研究了双边水权交易市场双方叫价拍卖模型。针对水市场最普遍的买卖双方都是多个参与者的市场结构，采用双边拍卖模式，建立Bayesian模型，设计出双边拍卖下的拍卖规则、交易规则以及市场出清规则。 (4)政府的政策扶持和法律保护是水权制度建立和推进的重要措施。对水权交易过程中政府应该扮演的角色、政府在水权交易中的宏观调控目标和手段进行了分析。阐述了法律体系在建立水权制度中的意义和作用，及如何构建保障水权实施的法律体系。针对当前建立水权制度迫切需要解决的问题，提出了对策与建议。 (5)以太湖流域为例进行了实证研究。