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第一部分运用高通量目标区域捕获测序方法对Bardet-Biedl综合征家系进行基因诊断 目的:为进一步探索高通量、临床可应用的Bardet-Biedl综合征(Bardet-BiedlSyndrome,BBS)基因诊断策略,本研究尝试运用高通量目标区域捕获测序方法对BBS家系进行基因诊断。 方法:采集登记5个典型的BBS家系病例。运用包含144个遗传性视网膜变性疾病(IRD)相关基因的捕获芯片对先证者基因组DNA进行高通量目标区域捕获测序。通过多种生物信息学方法分析、滤过测序数据;对候选基因突变进行直接测序及家族内共分离实验验证。 结果:运用高通量目标区域捕获测序方法成功筛查出5个BBS家系致病基因。这些致病突变分别是WZ036家系(BBS2: I188fs200X,I188fs200X),WZ039家系(BBS2: R480X,R480X),WZ200家系(MKKS: C499Y,C499Y),FJ042家系(ARL6:R122X,R122X),RP467家系(MKS1: Y461C,R534Q)。BBS2(I188fs200X),BBS2(R480X),MKKS(C499Y),MKS1(Y461C,R534Q)基因突变位点是第一次报道。此外,WZ039家系中先证者WZ039-Ⅱ∶3被发现同时携带了纯合BBS2基因无义突变(R480X)和两个杂合BBS9基因变异(D656N,R784C)。 结论:本研究成功运用高通量目标区域捕获测序方法对BBS家系进行了基因诊断,发现了新的致病基因突变位点,同时为BBS提供了一种高通量、可靠的基因诊断新策略。 第二部分运用高通量目标区域捕获测序方法对Usher综合征家系进行基因诊断 目的:研究高通量目标区域捕获测序方法对Usher综合征(Usher Syndrome,USH)基因诊断的可行性,为临床USH的基因诊断探索一种高通量、可靠的新策略。 方法:登记5个非近亲婚配的USH家系,其中2个家系存在两代间连续发病。采集8位患者和12位健康家属的血样标本。设计包含144个遗传性视网膜变性疾病相关基因的捕获芯片,将先证者基因组DNA进行高通量目标区域捕获测序。运用多种生物信息学方法分析、滤过测序数据确定候选基因,通过直接测序、家系内共分离实验验证结果。 结果:运用高通量目标区域捕获测序成功地筛查出5个USH家系USH2A基因突变,分别为F1(R3484X, Q3157X), F2(G1861S, R5143C,c.8602delA), F3(S180P,IVS48+1G>A), F4(D2738N, P1843L), F5(c.4383delT,c.4383delT)。11个USH2A基因突变位点被发现,其中G1861S、R5143C、c.8602delA、IVS48+1G>A、D2738N、P1843L、c.4383delT是第一次报道。2个两代间连续患病的家系被诊断出是一种假显性遗传。一个先证者被发现携带了3个USH2A基因突变,其中两个突变位于同一染色体上。 结论:本研究运用高通量目标区域捕获测序方法快速筛查出USH2A基因突变,成功对USH家系进行了基因诊断,发现了新的致病基因突变位点,同时为USH的基因诊断提供了一种新策略。