核转录因子NF-κB与动物机体的炎症反应、免疫应答、细胞分化和凋亡等密切相关,Toll样受体通过对侵入机体的病原微生物的抗原识别和信号传导,在NF-κB介导的炎症和免疫应答反应中发挥着重要作用。本研究在新疆褐牛和荷斯坦牛隐性乳房炎调查和TLR4外显子3+2021 SNP位点基因型与隐性乳房炎相关性研究的基础上,分析和比较了TLR4 E3+2021 SNP位点两种不同基因型奶牛个体NF-κB信号通路上九个基因(NF-κB1、NF-κB2、RelA、RelB、c-Rel、IKKα、IKKβ、IKKγ和IκBα基因)转录水平的差异。结果显示:在BB基因型中,NF-κB1和IKKα基因的mRNA转录水平在新疆褐牛与荷斯坦牛品种间差异显著(P<0.05),RelA、RelB、IKKβ、IKKγ和IκBα基因mRNA转录水平在品种间差异极显著(P<0.01)。在AB基因型中,IκBα基因mRNA转录水平在品种间差异显著(P<0.05)。在对新疆褐牛的研究中发现,RelB、IKKγ和IκBα基因mRNA转录水平在AB和BB两种基因型间差异显著(P<0.05);而在荷斯坦牛检测的九个基因的mRNA转录水平在AB和BB两种基因型间差异均不显著。结果提示:TLR信号传导通路下游NF-κB1、RelA、IKKβ、IKKγ和IκBα基因的mRNA转录水平在品种间的变化,可能与新疆褐牛体细胞评分SCS显著低于荷斯坦牛相关。在新疆褐牛中,RelB、IKKγ和IκBα基因mRNA转录水平的变化可能是AA基因型SCS显著低于BB基因型的原因之一。