当代，民主行政之风风起云涌、势不可挡。公民参与正是在这样的背景下进入人们的视野，并得到了社会各界的普遍重视。基层政府绩效评估中的公民参与的兴起与发展对于推进基层政府绩效评估有着至关重要的作用。公民参与基层政府绩效评估也是我国建设服务型政府、透明型政府的必然选择。但是，在实践中，我国基层政府绩效评估中的公民参与还存在着诸多问题，这些问题成为我国基层政府绩效评估进一步发展的瓶颈。在参与主体方面，公民的参与意识不强、参与能力有限；在参与客体方面，公民参与的范围狭窄、参与的程度有限；在成本效果方面，公民参与成本高、效果不彰；在参与方式方面，公民参与的方式走样、沟通渠道不畅。针对当前基层政府绩效评估中的公民参与存在的主要问题，本文从公民社会、政治文化、法制建设和绩效评估制度四个方面分析了产生问题的原因。未成熟的公民社会难以提供公民参与所需的空间环境、渠道和途径；传统政治文化中的权力崇拜意识、人身依附意识与中庸意识使得基层政府工作人员不想让公民参与到政府的绩效评估中来，而公民也不愿参与到基层政府的绩效评估中去；实体法的缺失使得公民参与无法可依，而程序法的缺失使得公民参与随意性很大；基层政府绩效评估制度的不健全使得公民参与失去了应有的平台。最后，本文在借鉴国外基层政府绩效评估中的公民参与的有益经验的基础上，提出了完善我国基层政府绩效评估中的公民参与的建议：有效界定公民参与代表；增强参与意识；提高参与能力；增强绩效信息透明度；确保参与方式落实到实处；拓宽参与范围；深化参与程度；提高政府沟通能力；行政官员确立公共服务型政府理念；培育和发展公民社会；健全公民参与的法律制度；建设参与型政治文化。