在历史的长河中，中世纪的欧洲在人们的印象里是黑暗和愚昧的，实际上，这与资产阶级的地位日益上升，为了达到推翻封建制度的目的，从而与诋毁教会和贵族统治的声誉有着必然的联系。这一时期基督教占统治地位，所有与基督教相悖离的思想都被斥之为异端思想，很多哲学家、神学家遭到迫害。但是人们意识到在中世纪之后，欧洲的启蒙运动，文艺复兴运动的兴起，科学的迅速发展不是横空出世，在中世纪基督教文化中，隐含着不少异端思想，这些异端思想，使科学得到自由的发展，大力促进了近代科学思想的兴起。人们如果对事实深入了解，会在一定程度上改变对中世纪思想昏暗的看法，可以看到中世纪时期的进步思想同样推动了科学的进步。如果说中世纪曾经或一直被人们所误解，那么就有了为中世纪正名的必要，剔除中世纪是一个完全黑暗的传统观念，从而揭开中世纪的真实面貌，文艺复兴不是横空出世，它是历史发展到一定阶段的产物，与基督教相对的异端思想，崇尚理性与实证科学方法，为后来近代科学思想的诞生奠定了基础。通过对中世纪异端思想进行反思，试图解决在科学发展过程中的文化思想问题，文化的发展对科学的发展有着重要的意义。对异端思想的重新解读，可以更加明确科学文化与人文文化之间的关系。通过对中世纪科学史所作出的哲学反思，可以探索异端思想产生的社会根据。从唯物史观出发，可以得出正统和异端的对立是社会深层次结构矛盾和冲突的思想表现。研究异端思想与社会经济基础与政治结构互动关系，分析了异端思想的内在结构，进行异端思想类型学的研究，探索异端思想的动力学规律，从而深化了社会文化的发展，加深了文化发展的辩证理解。本文以中世纪异端思想为核心，通过对唯名论和唯实论发展的历史追溯，对中世纪异端思想对科学产生的影响进行了梳理，重点考察分析了中世纪异端思想产生的背景，中世纪异端思想的发展过程，中世纪异端思想对近代科学产生何种影响，以及对异端思想的哲学反思等重要问题，并就这些问题尝试提出自己的理解与诠释。