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山羊骨骼肌生长发育过程受到多种调节因子的共同作用,通过对参与骨骼肌发育过程的关键调节基因及其调控网络的挖掘,能够帮助人们更好的理解山羊骨骼肌发育过程中的分子机制,从而为肉用山羊的分子育种工作服务。基于此,本研究以山羊骨骼肌发育不同阶段:妊娠期45天、60天和105天的胎儿和出生3天羔羊的骨骼肌组织（背最长肌）为研究对象,利用RNA-seq技术,鉴定新的mRNA转录本、SNVs和INDELs;通过差异分析筛选在山羊不同发育阶段骨骼肌组织中差异表达的mRNA转录本,并对其进行功能注释;利用定量PCR实验对筛选到的差异表达基因进行表达量验证。主要结果如下:1.在11个cDNA测序文库总共获得约131 Gb（gigabases）读长平均为125 nt的双末端原始读段（raw reads）,平均每个文库获得11.97 ± 1.87 Gb的raw reads。共产生131.62 Gb的数据,其中约有98.20%的raw reads达到质控标准被保留下来作为高质量读段（cleanreads）。经TopHat2软件比对,绝大部分（78.99%-87.73%）的clean reads可以比对到山羊基因组（NCBI,CHIR1.0）,其中78.52%-86.60%的序列具有唯一的基因组位置。2.利用Cufflinks软件包对测序得到的clean reads进行拼接,在每个文库中平均拼接出51,053（48,398～53266）条转录本,平均覆盖了 80.41%（75.88%～85.10%）的山羊参考转录组已注释的转录本,并且每个文库中覆盖度为90%以上的转录本约占总转录本数的51.44%。3.在所有文库中共鉴定出21,658个可靠的mRNA转录本,包括6,200个已知的mRNA转录本和15,458个新的mRNA转录本。4.基于转录组水平,参考各样本与山羊参考基因组的比对结果,在四个不同发育阶段的骨骼肌组织中共发现有1,004,499个SNVs和81,787个INDELs。5.差异表达分析表明,共有7,053个mRNA（3,126个基因）的表达量在不同发育阶段两两之间存在显著差异,其中包含3,273个已知的mRNA转录本和3,780个新鉴定的mRNA转录本;没有发现阶段特异性表达的mRNA,但是有1,730个差异表达的mRNA在四个发育阶段均检测出。6.功能富集分析表明,差异表达mRNA被注释到了 139个GO条目中（P<0.05）,包括102个生物学过程GO条目,25个分子功能GO条目以及12个细胞组分GO条目,其中发现许多与肌肉发育相关的GO功能条目;KEGGpathway富集分析表明差异表达mRNA富集到286个KEGG通路上,其中也发现许多与肌肉发育生物学过程相关的信号通路。7.通过qPCR实验验证了 RNA-seq测序的mRNA表达量结果,发现两种定量结果在不同发育阶段的表达变化趋势一致,且两种方法所得到的结果有很高的相关性（r= 0.96～0.99）,表明RNA-seq测序结果可靠,能够真实反映不同发育阶段的转录组状况。