随着市场经济的发展及国家对高等教育体制的改革，高校经济活动的范围不断扩大。但是由于一些高校内部会计控制意识薄弱或者内部会计控制系统的不完善而导致的经济案件频频发生，不仅使高校蒙受巨额财产损失，影响了高校正常工作的开展，而且严重影响了高校的声誉。因此必须完善高校内部会计控制系统，以保障高校财产物资的安全和完整，防止高校经济犯罪的发生，促进高校经营管理水平的提高，提高我国高校的综合竞争力。 本文主要采用规范研究的方法，遵循发现问题—分析问题—解决问题的思路进行研究。首先分析了国内外内部会计控制的研究现状，针对高校的特点构建了高校内部会计控制的理论框架；然后采用抽样调查和案例分析的方法分析了我国高校内部会计控制系统的现状，针对存在的问题提出了构建内部会计控制系统的具体思路；最后利用图表对高校重点业务的内部会计控制系统进行了设计，并提出了保障高校内部会计控制系统正常运行的措施。 高校内部会计控制系统并不是各个子系统的简单堆积，在实际的运行过程中，要特别重视控制环境的分析、控制风险的分析以及科学的评价。