粮足则天下稳，粮食问题是关系国计民生的重要问题。粮食生产效率是区域粮食安全的重要保障，也是判断区域农业生产结构调整是否合理和是否发挥比较优势的重要依据。改革开放以来，福建省粮食自给率从1978年的102.42%下降至2011年的44.9%。目前，福建省是继广东和浙江之后的第三大缺粮省份。如何通过合理配置资源和提高粮食生产效率促进粮食增产，从而保证粮食安全具有重要的意义。本文运用Malmquist指数法和聚类分析对福建省各县（市、区）粮食生产效率进行实证研究，从粮食生产效率角度探讨福建省各县（市、区）粮食生产现状，以期为福建省区域粮食发展战略的正确实施和区域农业现代化道路的选择提供决策支持，具有一定的现实意义。本文沿着“文献整理—规范研究—模型构建—实证分析—解决问题”的思路展开。首先对粮食生产效率相关的国内外文献进行回顾和评述，指出已有研究对本文的启发和借鉴；阐述本研究的相关理论基础—投入产出理论和经济效率理论；并介绍基于DEA的Malmquist指数法和福建省各县（市、区）粮食生产效率评价指标的选取。在上述基础上，运用Malmquist指数法测算2001—2009年福建省各县（市、区）粮食全要素生产率，结果表明：2001—2009年期间福建省各县（市、区）整体粮食全要素生产率变动呈现波动性；福建省各县（市、区）整体粮食全要素生产率的变动主要由技术进步指数变化引起，粮食生产的技术效率变化主要由纯技术效率的变动引起；2009年，各县（市、区）粮食生产的技术进步指数值基本在1附近，全省仅27个县（市、区）粮食生产的纯技术效率大于1和15个县（市、区）粮食生产规模效率值大于1，只有9个粮食主产县粮食生产技术效率改善，且有19个粮食主产县粮食生产规模收益处于递减状态。在利用Malmquist指数法评价各县（市、区）粮食生产效率基础上，运用聚类分析对各县（市、区）分类并得出制约各类地区粮食生产效率提高的主要因素。据此，本文提出加强农业科技推广、推进粮食生产适度规模经营、提高粮食生产机械化水平、稳定粮食作物播种面积、推进粮食生产集约化及加大粮食生产投入等相关政策建议。