科技创新作为促进经济可持续发展的动力、转变经济发展方式的推手,日益受到我国各级政府、高校、企业的重视,特别是建设创新型国家战略提出后,全社会对创新的投入持续、高速增长。但增加创新投入只是提升自主创新能力、建设创新型国家的必要条件而非充分条件,尤其当前我国还处在发展中国家行列,科技资源还比较缺乏,必须高度重视创新的效率。创新效率与创新能力的关系,如同经济增长的质量与速度之间的关系。长期以来,各级政府和学界更多关注了创新能力的相关问题,对创新效率关注不够,即便已有的创新效率研究,多把“创新”看做一个“黑箱”,没有考虑创新活动的阶段性。本文将创新研究的“链式模型”与“系统模型”相结合,根据创新的“链式模型”将创新活动分成两个阶段,分别测算了两阶段的效率、分析其变化趋势和收敛性；基于创新的“系统模型”,分析影响创新活动不同阶段效率的因素。此外,针对我国当前经济发展面临的严峻的能源和环境问题,考虑环境约束对创新活动第二阶段效率进行了再探讨,重新测算了创新成果经济转化阶段的环境效率。本文研究的主要内容包括：(1)根据“链式模型”,将创新活动分成技术产出和经济产出两个阶段,技术产出阶段的效率称之为技术效率、经济产出阶段的效率称之为经济效率。利用数据包络分析法(DEA)测算了两阶段的效率,并进一步分解成技术效率、纯技术效率和规模效率,分析了每阶段三种效率的变化趋势和收敛性。(2)基于“系统模型”,对Furman分析框架进行拓展,加入了国际技术溢出因素,分别按照传统的地理空间和科技资源禀赋情况分组,利用超效率DEA-Tobit两步法,从创新基础、微观创新环境、政产学研联系、国际技术溢出等四个方面分析了不同因素对创新活动两阶段效率的影响。(3)对创新活动技术效率和经济效率进行综合分析,将我国各省域分成：低技术效率低经济效率、高技术效率低经济效率、高技术效率高经济效率、低技术效率高经济效率四类地区,针对每类地区的特点给出今后区域的发展策略。(4)基于环境约束视角对创新活动经济效率再探讨,考虑了能源投入,污染排放因素,并将污染排放作为非期望产出,重新测算了创新成果的经济转化效率。本文研究发现：第一,总体来讲,我国的创新效率还不高,而且波动幅度较大,没有出现稳定、一致的上升趋势。第二,相对而言,创新活动第一阶段的效率要普遍高于第二阶段,即创新技术效率高于经济效率,表明我国创新活动中创新成果转化不理想问题更为突出。第三,无论是创新活动的技术效率,还是经济效率,我国不同区域存在明显的“异质性”,部分对东部创新活动效率有正面效应的因素,由于存在“门槛效应”,对中、西部创新效率没有表现出正面效应、甚至出现了负面效应。第四,考虑环境约束后,我国各省份创新经济效率普遍下降较大,表明当前我国期待通过创新来实现发展方式的转变远没有不考虑环境约束时那么乐观。根据研究结论,本文提出通过“发挥创新资源的比较优势”、“重视创新的环境效率”、“构建国家价值链”、“积极扩大内需”等措施,提高区域创新的效率,推进创新型国家建设。