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自由生活线虫是海洋环境中物种多样性高且数量占优势的底栖生物类群,其物种多样性对于海洋底栖生态系统运转具有重要意义。因其个体较小、分选困难且专业技术人才匮乏等原因,对于线虫的系统分类研究十分薄弱,大量种类仍然未知。南海是我国海洋生物多样性最高的海域,但也是海洋线虫分类研究最为欠缺的区域,对于深海的线虫更是鲜有报道,缺乏对于南海线虫物种多样性本底的认知。此外,基于传统分类学确立的许多阶元的系统地位仍然存疑,很多类群的系统发育关系仍十分混乱,亟待通过分子技术的引入获得新认知。本论文基于自南海潮间带至深海的39个站位获得的沉积物样品（涵盖南海潮间带7个采样点以及南海陆架区和深海海盆32个采样站位,水深跨度为0–4000m）,通过经典分类学手段,研究了南海线虫的基本分类组成,发现并描述新物种;在准确分类学基础上,结合18S r DNA测序分析,对线虫单宫目内主要类群的系统地位和系统发育关系进行了研究,以期为中国海洋线虫编目和物种多样性研究提供翔实可靠的基础资料,清理单宫目内主要类群的系统发育关系。对南海陆架区和深海海盆32个站位沉积物的定量与定性研究结果表明,南海线虫平均丰度为192.1±38.7 inds/10 cm~2,是小型底栖生物数量上占绝对优势类群,占总数的85.5%,平均生物量为76.8±15.5μg dwt/10 cm~2。本研究共鉴定出线虫366种（或分类实体）,隶属8目39科187属,整理出南海线虫优势属有Acantholaimus,Cervonema,Chromadorina,Dorylaimopsis和Halalaimus。物种多样性最高的属有Acantholaimus,Cervonema,Daptonema,Diplopeltoides,Halalaimus,Leptolaimus和Sabatieria,以上每个属中都发现了10种以上。通过与我国其他海域的线虫比较分析发现,南海和东海有128个共有属,与黄海有46个共有属,三个海域共有的属有19个;仅在南海发现的种有65个。本研究共发现并描述南海线虫新种32种、新记录12种。其中新种4种发现自潮间带,15种自陆架海域,13种发现自深海。本研究已发表新种5种,待发表新种27种,分别是:长刺长颈线虫Cervonema longispicula Huang,Jia＆Huang,2018;锥尾双盾线虫Diplopeltoides conoicaudatus Sun,Huang＆Huang,2021;尖头多旋线虫Minolaimus multisupplementus Sun,Huang＆Huang,2020;小毛萨巴线虫Setosabatieria minor Huang,Xu＆Huang,2019;丝尾萨拉光皮线虫Thalassironus filiformis Huang,Huang＆Xu,2019;丝尾头感线虫Anticoma filiformis sp.nov.;长化感器轴线虫Axonolaimus longiamphidatus sp.nov.;南海深咽线虫Bathylaimus nanhaiensis sp.nov.;中华长颈线虫Cervonema sinica sp.nov.;细刺大链环线虫Desmodorella filiformis sp.nov.;长刺项链线虫Desmoscolex longispiculatus sp.nov.;小化感器双盾线虫Diplopeltoides microamphidatus sp.nov.;长刚毛龙线虫Draconema longiseta sp.nov.;毛头咽线虫Gomphionema setiforme sp.nov.;辅器线荚线虫Linhystera hamatus sp.nov.;长刺线荚线虫Linhystera longispicula sp.nov.;小体线荚线虫Linhystera minor sp.nov.;南海线荚线虫Linhystera nanhaiensis sp.nov.;锥尾宽口齿线虫Nannolaimoides conicaudatus sp nov.;长刺拟联体线虫Paracomesoma longissimum sp.nov.;小拟囊咽线虫Parasphaerolaimus minor sp.nov.;南海光皮线虫Phanodermopsis nanhaiensis sp.nov.;长体前单宫线虫Promonhystera longicorporis sp.nov.;弯刺前单宫线虫Promonhystera curvispicula sp.nov.;毛刺前单宫线虫Promonhystera seta sp.nov.;长刺覆瓦线虫Pselionema longispicula sp.nov.;长体圆链环线虫Robbea praelonga sp.nov.;尖头管咽弯线虫Solenolaimus stenocephatus sp.nov.;长尾圆双盾线虫Southerniella longicauda sp.nov.;长尾前咽球线虫Stylotheristus longicaudatus sp.nov.;大化感器微口线虫Terschellingia macramphida sp.nov.;短尾韦氏线虫Wieseria brevicaudata sp.nov.。12种新记录分别是:卡通毛覆瓦线虫Ceramonema carinatum Wieser,1959;澳洲方唇线虫Corononema parvum Warwick,1995;长化感器细环线虫Cricohalalaimus vagabundus Bussau,1993;美式项链线虫Desmoscolex americanus Chitwood,1936;小双盾线虫Diplopeltoides pumilus Holovachov,＆Bostr（?）m,2017;安达曼龙线虫Draconema andamanense Kito＆Chatterjee,2012;小头细咽线虫Manganonema microcephalum Bussau,1933;螺旋玛丽亚线虫Marylynnia dentikulata Kim,Tchesunov＆Lee,2015;齿拟杯咽线虫Paracyatholaimus intermedius De Man,1880;巴布拉拟双单宫线虫Paramphimonhystrella barbula Leduc,2014;微笑覆瓦线虫Pselionema dissimile Vitiello,1974;毛刺方体线虫Quadricoma scanica Filipjev,1922。本文对上述新物种和新记录种进行了细致的形态学描述,就新物种建立做了讨论,对新记录种与相近种做了比较分析。本研究还获取了11种单宫目线虫的16条18S r DNA序列,结合Gen Bank的64条序列分析,建立了ML和BI系统进化树,对单宫目条线虫科（Linhomoeidae Filipjev,1922）、球咽线虫科（Sphaerolaimidae Filipjev,1918）、希阿利线虫科（Xyalidae Chitwood,1951）及单宫线虫科（Monhysteridae De Man,1876）及科内类群进行了系统发育分析。结果显示,Daptonema,Terschellingia和Geomonhystera属均未与相近类群聚为一支;结合分类学研究,将Daptonema longiapophisis Huang＆Zhang,2010转移至Theristus Bastian,1865属,将Terschellingia de Man,1888属继续归属于条线虫科（Linhomoeidae）,将Geomonhystera Andrássy,1981属由单宫线虫科转移至希阿利线虫科（Xyalidae）。