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獐(Hydropotes inermis)是我国二级重点保护动物,由于其具有较高的食用和药用价值,致使种群受到了严重的威胁。养殖獐成为近年来的一个热点,对养殖条件下獐的遗传特征进行研究,不仅能了解在养殖条件下獐的遗传现状,也可为以后繁殖育种提供理论支持。本文便利用简单重复序列间区(inter-simple sequence repeat, ISSR)分子标记技术,对来自舟山群岛4个獐养殖种群的遗传多样性和遗传结构进行了分析。在对獐进行ISSR-PCR反应体系优化中,在原有的基础上,发现扩增的循环次数为35个时,得到的产物效果最好,并成功的选择出26条可用于獐遗传学研究的ISSR引物。26条ISSR引物共扩增出286个可分析位点,其中多态性位点为184个,多态位点百分比(PPL)为64.34%。獐物种水平上的Nei’s遗传多样性指数(H)为0.210,Shannon’s多态信息指数(Ⅰ)为0.318,各种群的H介于0.157-0.190之间,Ⅰ在0.228-0.278之间,其遗传多样性较为丰富,这可能与其种,源来自野外且养殖时间不久有关。Structure软件分析结果显示,所有个体根据遗传信息的不同可以被分为4个组群,每个养殖场内的个体基本上都在各自独立的组群中,这与地理区域的划分相似。种群间的遗传分化系数Gst (Gst=1-Hs/Ht)为0.163,AMOVA分析结果与此类似,说明各养殖场獐种群间在遗传上已表现出了一定的差异。同时,为了进一步了解各种群间的遗传关系,我们计算了各种群间的Nei’s遗传距离并对其进行UPGMA聚类,结果显示：秀山种群(XS)和舟山种群(ZS)先聚在了一起,其次与岱山种群(DS)相聚,最后和朱家尖种群(ZJJ)相聚。结合以往的研究结果及各养殖场的地理分布信息,我们认为,舟山獐种群的遗传多样性虽然较为丰富,但己出现较大程度的遗传分化现象。因此,我们建议各养殖场需加强不同岛屿种群间个体的交流,特别是朱家尖种群(ZJJ)与其它种群间的交流。同时,本研究也推广了ISSR分子标记在动物遗传研究中的应用。