为建立农村医疗保障体系,国家于2003年正式决定开始建立以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度。就新农合机构设置而言,在中央设有新型农村合作医疗部际联席会议负责制定宏观政策,省、地级设立农村合作医疗协调小组和专家技术指导组。县级设有农村合作医疗管理委员会,而经办机构负责日常具体事务,并定期向监督委员会报告基金管理情况。目前,作为对中国广大农业人口的医疗保障的制度,新农合已切实保障了农民的日常医疗需求。2012年,全国参加新农合人数为8.05亿人,参合率超过98%。在新农合的制度建立和完善过程中,出现了财务问题、虚报参合信息套取资金和基金使用不合理等问题。从治理的角度而言,财务问题原因是内控机制的失衡。本文旨在基于产权理论和委托代理理论,研究县域新农合基金管理组织的治理结构,并探求内部治理失衡的原因。首先,本文对新农合制度的建立和制度变迁作出系统性分析,重点关注基金管理制度。回溯新农合制度的主要政策演变,分析新农合制度的四大特征,包括自愿参加,大病统筹,县域统筹管理和政府监督管理。从筹资制度和补偿制度入手阐释新农合制度建立的主要基本点。筹资制度主要从个人保费收缴方式、财政补助划拨制度和筹资水平等三个方面进行分析。补偿制度主要从补偿比例和补偿范围进行分析。新农合基金管理制度主要从风险基金制度、二次补偿制度和监督制度进行了分析。目前,国内公司治理较非营利组织治理发展成熟,政府治理较为欠缺。基于此,本文对公司和非营利组织的内部核心机构的职能定位及其治理结构进行了研究分析。通过查阅相关法律和代表性治理原则,对治理结构中的董(理)事会、监事会和管理层(执行委员会)的职能进行了定位。在公司治理中,对单层制董事会和双层制董事会进行了模式演绎和对比分析。相对公司治理结构,非营利组织的结构较为松散,相关法律和行业规章约束偏少。借用红十字基金会的组织框架作为非营利组织代表型的治理结构进行分析。此外,公司和非营利组织在内部结构上的差异己体现为不同的治理效果。随后,对县域新农合基金管理组织的内部主体职能部门的治理结构和治理效率进行分析。政府,不单是政治上的主管主体,也是经济上的最大注资者。类比公司和非营利组织的治理结构,县域新农合基金管理委员会因对新农合工作具有管理和组织的决策权,而在治理结构中承担相应的董事会的职能。监督委员会负责监督新农合基金运行过程中的资金流动和会计账目,扮演监事会的角色。经办机构在组织内负责相应的管理层工作。基于此,县域新农合基金管理组织的内部主体职能部门的治理可借鉴公司治理和非营利治理的成熟之处。类比这三者,非营利组织与新农合基金组织有更相似的市场环境,而公司的治理结构的职能设计更具借鉴意义。另外,本文对其治理效率做了定量分析。借用全国统计数据,对参合情况和基金使用情况等作了简要分析。本文对中西部33个县的新农合运作情况作了详细调查。在筹资稳定的前提下,补偿模式的选择是管理委员会最重要的决策之一。通过聚类分析,在有相当的大额医疗费用的补偿水平下,住院统筹加门诊账户的补偿模式比大病统筹加家庭账户的补偿模式,在小额门诊费用的补偿上有更好的成效,实现了更广泛的受益人群和更高的实际报销比例。再者,通过选择投入要素和产出要素,应用DEA模型对33个县的综合效率和规模报酬作出相对性效率分析。整体而言,投入要素高效的转变为产出,一半以上的县达到了规模经济的状态。对已达到规模经济的县,为了实现更高的补偿比例和更广泛的受益人群,不宜采取增加管理成本和增加人力资本的方案,而应考虑补偿模式的制定和优化具体补偿项目的补偿比例。为完善治理结构,本文提出了相应的政策建议：(1)管理委员会——细化内部分工,设立专项委员会(2)监督委员会——完善内部监督,侧重外部监督(3)经办机构——完善信息化建设,实现IT治理