沙门菌是家禽生产系统中报道最多的食源性致病菌之一,受污染的家禽和家禽产品被认为是人类沙门菌病的重要来源。沙门菌存在于家禽生产的不同阶段,有些血清型可以在肠道定植并迁移至其他器官,如输卵管、消化道等,并且可在环境中持续存在,从而导致垂直传播和水平传播,沿生产线污染食品工业。因此,了解沙门菌在家禽生产过程的分布变化及其特征,对减少沙门菌传播的有效干预措施等研究极为重要。本研究聚焦某禽蛋全产业链企业,通过对不同环节沙门菌流行病学调查和分子分型等研究,揭示该生产链沙门菌的流行规律、耐药性和遗传特征,旨在探明沙门菌沿蛋鸡生产链的传播方式及关键控制点,为家禽产业中沙门菌的防控提供必要的数据支撑。1蛋鸡生产链中沙门菌的流行状况及其耐药性分析本研究选择江苏地区某禽蛋全产业链企业,于2017年9月至2019年11月采集703份种鸡血清和1,249份病原学样品。采样环节包括饲料场、养殖场、孵化中心、集蛋中心和蛋业公司,样品类型为饲料原材料、弱雏、病死鸡、鸡蛋、死亡胚蛋、蛋制品以及环境样品。抗体检测结果显示,血清中沙门菌O9抗体平均阳性率为22.2%。病原学样品中有132份呈沙门菌阳性,平均分离率为10.6%。各生产阶段的沙门菌分离率差异较为明显,其中蛋业公司的分离率最高,为34.1%,其次是集蛋中心,为16.4%,均高于该产业链的平均阳性率;其他环节如孵化中心(8.9%)、饲料厂(4.8%)分离率较低,而养殖场分离率最低为2.7%。分离株中包含7种沙门菌血清型,肠炎沙门菌和婴儿沙门菌为优势血清型,分别占总分离株的60.6%和29.6%,其余血清型占9.9%。分离株抗生素耐药性实验结果显示,对萘啶酸和四环素的耐药比例较高,分别是63.9%和63.1%,其次是链霉素、氨苄西林、阿莫西林耐药率分别为57.7%、56.2%、24.6%,其余抗生素耐药率均低于8.0%;不同生产环节的分离株耐药率存在差异,养殖环节和孵化中心的耐药率较高,集蛋中心分离株的耐药率较低。2蛋鸡生产链中沙门菌的分子分型研究通过PFGE和WGS两种分型方法了解蛋鸡全产业链不同生产环节沙门菌分离株的流行关系,根据基因组差异绘制系统发育树,探究沙门菌的污染源和传播规律。选取不同环节、不同分离时间的22株肠炎沙门菌和13株婴儿沙门菌分离株进行WGS分析,同时,对蛋鸡全产业链不同环节的35株肠炎沙门菌分离株进行PFGE分子分型。WGS分析显示,22株肠炎沙门菌的ST型均为ST11;95.5%的菌株携带strA,strB,sul和blaTEM-1B,77.3%含有tetA基因,结合耐药性实验结果,统计分析发现耐药基因均与耐药表型相一致;系统进化树结果显示,不同生产环节的菌株分布在同一分支,亲缘关系十分接近。结合前期流行病学调查表明肠炎沙门菌可沿着生产链垂直传播和水平传播。此外,PFGE结果显示部分菌株表现出100%的遗传同源性,进一步佐证了 WGS分析的垂直传播现象。对婴儿沙门菌进行全基因组分析,13株婴儿沙门菌的ST型均为ST32;100%的菌株携带aac(6’)-Iaa和mdf(A);系统进化树分析结果显示蛋制品和集蛋中心环境中的13株婴儿沙门菌的基因组相似性很高,属于同一克隆簇。因此,推测在该产业链中传播的婴儿沙门菌为同一株菌株,其可沿产业链传播,并可能存在交叉污染的现象。此外,由于集蛋中心为婴儿沙门菌的首次检出环节,表明其为婴儿沙门菌的重要控制点。本研究的结果表明,增加保洁蛋生产线,同时定期对鸡蛋分级设备、蛋托、转运车和工作人员等进行消毒,适当更改洗蛋设备中的消毒剂等对沙门菌的防控极为重要。本实验评估了 6种不同类型的化学消毒剂对沙门菌的消减能力,6种消毒剂对沙门菌分离株均有一定效果,MIC和MBC没有显示出消毒剂抗性,两个参数在不同分离株之间都没有显著差异。除次氯酸钠外,消毒剂在抑制细菌生长的最低浓度下均具有杀菌作用。最低抑菌浓度的测定将有助于选择最有效和最经济的消毒剂来净化特定环境的沙门菌。综上所述,该蛋鸡产业链中沙门菌的污染比较严重,其中肠炎沙门菌和婴儿沙门菌为优势血清型;不同环节的菌株存在克隆关系,菌株存在垂直传播、水平传播和交叉污染的现象。因此,在鸡养殖阶段应采取更严格的措施来从源头上控制沙门菌,同时加大对集蛋中心的消毒措施。