随着全球化进程的加快,我国金融业发展所面临的内外部因素越来越复杂,保持金融业发展的稳定性则显得越来越重要,而金融生态概念的提出则强调从生态学的角度来考察金融运行的质量,通过分析宏微观环境对金融运行的影响、金融主体之间的相互作用以及金融机构的内外部调节能力来认识金融系统的整体发展现状。金融生态系统运行绩效的高低一定程度上反映了不同区域之间资源的利用效率、经济的发展效率、市场秩序的调节效率以及金融主体的经营效率,能够综合的反映区域金融的发展水平。鉴于此,通过建立金融生态系统运行效率的分析模型,把握不同区域金融发展的现状,为促进我国区域金融的协调发展具有重要的意义。本文基于金融生态运行效率的研究视角,将定性分析与定量分析向结合,首先对该领域的理论研究以及实证研究进行归纳总结,接着通过构造区域金融生态系统运行绩效的指标体系,测算出2008-2012年我国31个省、市自治区的金融生态系统运行的效率值,并对不同地区金融生态运行效率的差异性进行对比分析。其次,通过构建区域金融生态系统影响因素模型,利用空间计量的分析方法对我国31个省市的金融生态效率值进行空间分析,找到能够改善金融生态运行效率的途径。文章最后在实证分析的基础上,分别从提高金融生态主体的主导地位、完善金融生态环境的制度建设两个方面提出改善区域金融生态运行效率的对策建议。