知识产权海关保护是由海关在进出口货物监管过程中处理知识产权侵权纠纷的一种工作制度。我国现行的知识产权海关保护制度中主要以行政处罚的方式结处侵权纠纷,且不受理纠纷双方的侵权赔偿纠纷。2009年颁布的《中华人民共和国海关关于<中华人民共和国知识产权海关保护条例>的实施办法》中,首次规定权利人与进出口商自行达成协议的,可以向海关申请解除扣留侵权嫌疑货物；并在2010年修订的《中华人民共和国知识产权海关保护条例》中,在行政法规的层面进一步确认了权利人可以撤回申请的规定。这一改变是我国知识产权制度进一步深刻认识知识产权本质属性的体现,但根据现行法律法规的规定,在行政处罚和纠纷双方自行和解两者之间,进出口商承担的法律责任相差过大；同时,行政法中对行政处罚的程序规定较为严格,而自行和解却无任何程序限制,因此实践中,通过和解结处纠纷的案件增长迅速,但实际达到的效果却并不如表象那样理想,纠纷双方特别是进出口商希望海关主持调解,以行政调解方式解决侵权纠纷的呼声较高。此外,现行知识产权海关保护制度尚未规定海关可以处理侵权赔偿纠纷,但实践中,由于海关处理的知识产权侵权纠纷的特殊性,在海关以行政处罚结处案件后,会衍生一系列相关的侵权赔偿纠纷；而现行的《商标法》、《专利法》等法律法规中已有了关于行政调解的规定,海关保护在处理商标、专利等侵权纠纷的同时,完全可以参照设置行政调解制度,将侵权赔偿纠纷纳入海关行政调解的受理范围。本文的论述,通过介绍行政调解制度概况,结合现行的知识产权海关保护程序,对知识产权海关保护中引入行政调解机制的必要性和可行性进行分析,并提出在现行执法模式下加入行政调解的制度构想,以期为进一步完善知识产权海关保护制度提供思路。