【摘 要】
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SELEX技术用于生成具有高靶标亲和力的寡核苷酸,被广泛应用于体外适配体筛选,在新型抗体,癌症治疗学,生物医学等方面都具有巨大的应用潜力。该技术自1990年被首次开发以来,得到迅速发展,陆续的出现了如“Capillary electrophoresis-SELEX”、“Genome SELEX”、“Cell-SELEX”、“Capture SELEX”等技术,这些技术拓展了SELEX方法的使用,但
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SELEX技术用于生成具有高靶标亲和力的寡核苷酸,被广泛应用于体外适配体筛选,在新型抗体,癌症治疗学,生物医学等方面都具有巨大的应用潜力。该技术自1990年被首次开发以来,得到迅速发展,陆续的出现了如“Capillary electrophoresis-SELEX”、“Genome SELEX”、“Cell-SELEX”、“Capture SELEX”等技术,这些技术拓展了SELEX方法的使用,但是目前出现的SELEX方法存在实验设计复杂、筛选时间较长、成本高等问题。本研究是应用核酶的自我剪切功能,运用SELEX技术,通过体外建立DNA文库,然后转录成所需的RNA文库。RNA文库中含有的核酶的一个颈部全部由随机序列组成,在体外筛选过程中,部分随机序列与配体结合,从而引起RNA构象的改变,导致核酶发生自我剪切,这些与配体结合的序列(适配体)通过SELEX被筛选并富集起来,此筛选过程我们将其命名为“Shear SELEX”。为得到序列信息,通过将筛选得到的文库进行克隆和高通量测序,再分析测序结果确定序列信息,最后经验证实验得到候选适配体。将Shear SELEX应用于筛选能够与L-别异亮氨酸结合的hammerhead核酶。实验共进行了14轮的筛选,其中前7轮,与配体孵育时间为10 min,8-9轮为5min,10-14轮为1 min,其中在13和14轮用配体类似物(L-异亮氨酸)进行了反筛。通过缩短孵育时间,筛选出具有高结合效率的适配体。通过对7、8、10、12、13、14轮RT-PCR得到的DNA文库高通量测序后,分别得到997268、396968、39510、45093、15967、38182条序列,随着筛选条件的严格,序列的丰富度呈现逐渐减少,特异性逐渐增加的趋势。通过分析测序结果,我们成功的得到最具有代表性的两条适配体序列L-bie-1序列、L-bie-2序列。通过SGI法测试它们与配体小分子的结合效率,实验发现这两条序列与L-别异亮氨酸结合的KD分别为:32.55 n M、235.1 n M。另外,两条序列做剪切实验得知:纯的RNA序列可以发生剪切,但剪切效率稍低,通过用Beads固定序列后,RNA的剪切效率大大提高,与L-别异亮氨酸结合后可以提高剪切效率达20%(5分钟内剪切百分比)。总而言之,本次实验成功建立了一种新的适配体筛选的方法,得到的候选适配体一方面是变构核酶,另一方面,也可以作为人工核糖开关直接应用于基因的5’或3’端,使其起到调控基因的作用。此方法筛选流程简便易进行,且避免了其他筛选方法如实验设计复杂、与磁珠相连序列影响序列折叠等问题,为适配体的筛选提供了新思路。
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