中国城市面临的水问题，主要是干旱缺水与洪涝灾害并存、水污染加重、水土流失得不到控制。日本是中国近邻，城市建设起步早，在城市水资源、供水、排水、用水收费管理积累了丰富经验，对中国城市水系统政府管理的改善有大的借鉴意义。本文在大量收集日本第一手宝贵资料的基础上，对日本城市水系统政府管理经验进行了全面分析，对日中城市水系统政府管理进行了对比分析，提出了中国城市水系统政府管理改善的具体建议。主要工作及创新点如下： ⑴应用系统分析的方法，对城市水系统的目标、输入、输出、环境及系统结构进行了全面分析，构建了城市水系统概念模型。构建了中日城市水系统比较框架。 ⑵在日中水资源管理对比分析的基础上，指出日中两国在水利工程建设机制、水资源取费管理制度、排污权交易制度上存在着显著的不同。提出中国应构建与政府职能分离、利益剥离的水利工程建设体制。 ⑶对日本城市供水管理的经验进行了研究与评价。对日中两国城市供水行业民营化、供水设施建设单位招标、供水企业评价目标上不同的原因进行了深入分析。提出中国建设批量用水供给企业、多方面改革招投标措施、供水企业民营化道路的选择及改进政府监管手段的意见，并就供水企业运营中加强环境保护的措施及经济效果进行了探讨。 ⑷研究了日本城市排水管理最新的理论和方法。对日中两国对城市排水设施作用的认识、排水设施的建设单位选择、建设费用来源、经营方式上的显著不同进行了分析，提出中国城市排水设施建设中应明确相关方的责任，采取委托经营以降低排水费用、提高经营效率。 ⑸在研究日本用水及收费管理经验的基础上，指出中日两国水费形成机制不同的原因在于供排水企业定位的不同。在分析供排水企业经营信息公开必要性的基础上，提出今后应公开的供排水经营主要信息。并探讨了采用CVM法制定污水处理收费的可行性。 ⑹对日中城市水系统政府管理进行了总体比较与评价分析，构建了城市水系统可持续性发展的评价指标体系。建立了日中城市水系统可持续性的模糊综合评价模型；建立了水资源子系统差异性检验的多元统计模型；建立了供水企业相对有效性评价的DEA模型。并利用模型进行了计算和评价。