当今世界，国际贸易日益频繁，知识经济飞速发展，世界未来的竞争就是知识产权的竞争，尊重和保护知识产权就是尊重智力成果，就是保护一个国家创新的动力和长期发展的潜力。随着全球经济一体化和贸易自由化进程的加速发展，在巨大的经济利益的诱惑下，侵犯知识产权的非法货物在国际贸易中所占的比例也呈上升趋势，侵权问题也逐渐成为国际贸易中的突出问题，面对此种情况，对知识产权实施海关保护就显得尤为重要。我国经过三十多年的改革开放，已经成为世界主要的贸易大国，尤其是在加入世贸组织后，我国与世界的经济联系更加密切，实施知识产权海关保护不仅是我国履行国际义务的要求和维护权利人合法权益的有效途径，也关系到我国的国际形象，更是维护我国对外贸易秩序、保护我国国家利益、提升我国国际竞争力的重要手段。我国的知识产权海关保护制度起步晚，发展快，立法上已经比较先进，某些规定甚至已超过《TRIPS协议》对知识产权保护要求的最低标准，但高标准的保护制度并非代表高度发达的经济水平，我国的知识产权海关保护制度也存在一些不足之处，这些问题主要存在于操作层面，具体表现在：第一，在主体方面，执法主体单一且海关执法效率低下；保护的权利主体范围较小。第二，保护的客体范围狭窄。第三，在两种主要保护模式中，依职权的保护模式适用比例较高；商务部模式形同虚设。第四，知识产权海关备案制度存在问题，海关只对在海关备案的知识产权实施主动保护，这容易对权利人造成不公；而且由于备案机关与其它知识产权保护机关相互独立，使得备案知识产权的合法性难以保证，个别备案内容也可能与实际脱节。第五，知识产权纠纷的解决方式不能适应现实的需要。海关对侵权货物的处理主要是行政处罚，对于侵权赔偿纠纷，也允许当事人进行和解，由于单纯使用某种救济方式都存在不足，因此可以在此之外寻求一种更加有效的纠纷解决方式。通过对知识产权海关保护的国际考察、对比可以发现发达国家和地区的知识产权边境保护制度的先进之处，这对完善我国的知识产权海关保护制度具有重要的借鉴意义。美国的知识产权边境保护制度针对不同类型的知识产权设置了不同的备案程序，而且对专利权设有特殊的边境保护程序；在认定货物是否侵权的过程中，权利人的举证责任比较轻。欧盟的知识产权边境保护制度，无论是在保护客体方面，还是在保护环节方面，都十分广泛；在执法程序方面，设置了简化的程序，加快了案件的处理速度，节约了执法成本，减轻了当事人负担。日本的知识产权边境保护制度对知识产权的保护以依申请的方式为主。这些国家和地区的共同点是权利人或申请人的负担较轻。现阶段，我国生产力水平发展不均衡，知识产权权利人尚未充分认识到知识产权对于经济发展的重要性，维权意识弱。我们应该在正确认识我国国情的基础上，研究、借鉴国外的先进经验，对我国的知识产权海关保护制度进行完善。建立一套既符合我国国情，又能很好地保护我国国家利益的具有中国特色的知识产权海关保护制度。具体措施如下：第一，在主体方面，要加强海关的执法建设，提高海关的执法能力，打造一支高素质的海关执法队伍；并扩大知识产权海关保护的权利主体范围，将独占许可和排他许可的被许可人纳入知识产权海关保护的权利主体范围。第二，调整知识产权海关保护客体范围，对专利权海关保护进行完善；此外，要扩大客体保护范围，将地理标志、商号权、集成电路布图设计、生物资源多样性等纳入到知识产权海关保护的客体范围中。第三，结合实际，引导我国知识产权海关保护模式的发展，现阶段，仍以依职权的保护模式为主，但要逐步降低依申请保护模式中权利人申请保护的标准，并将商务部的执法模式具体化，引导我国知识产权海关保护模式朝以依申请的保护模式为主的方向发展。第四，对于知识产权海关备案制度，现阶段要对其进行完善，待条件成熟时废除备案制度。第五，在知识产权海关保护的纠纷解决方式中，引入调解制度，以弥补公力救济和私力救济的不足。