当前,创新正处于国家发展全局的核心位置,并成为推动经济增长和国家发展的重要动力,而实施创新驱动战略的过程中,要科学有效的配置资源、提升创新效率,同时创新战略的实施需要一定的经济规模来起支撑作用,长江流域整体的经济较为发达,必将在国家创新驱动战略的实施过程中扮演着重要角色。然而纵观长江经济带研究成果,对于长江经济带的创新系统研究较少,且较少关注创新效率。基于此,本文以创新效率为切入点,以新兴崛起的科技创新高地长江经济带为研究对象,实证考察其创新效率及其动态效应。首先,本文基于三阶段DEA,在控制环境因素影响的基础下,测算长江经济带11个省市2012年至2016年区域创新效率,并将长江经济带各省市划分为上游、中游、下游三大区域,进行比对分析;在此基础上,以高创新效率地区为研究对象,使用PVAR进一步研究创新效率的动态效应,得到区域创新系统中高效率地区的投入与产出交互关系;最后,基于本文研究结果,对目前长江经济带科技创新发展状况提出相关政策建议。本文针对长江经济带创新效率及其动态效应进行研究分析,得到如下结论:(1)长江经济带整体创新效率为0.48,创新效率偏低,各区域创新发展不均衡,呈现上游—中游—下游梯次上升的态势,进一步分解结果发现,长江经济带的创新效率低下主要是由于规模效率低下。(2)基于SFA回归结果发现,环境因素在创新效率评价中,会对各创新投入的松弛变量产生不同程度影响,创新效率评价需对于环境因素加以控制;同时,下游处于较好的外部创新环境,环境因素的影响微乎其微,上、中游的创新环境的稳定性与发达的下游地区存在一定的差距。(3)R&D人员全时当量的增加会提高专利授权数,但这种提升会随后转变为至负作用,同时R&D人员全时当量的增加也会对技术市场成交额呈正向作用,但这种正向作用的程度会逐渐降低,另外在投入内部,R&D人员全时当量也会对固定资产投资和R&D经费内部支出产生显著的影响。(4)固定资产投资投入的增加在转化为产出时的促进作用不甚明显,甚至在长期效应中会转化为负作用,但固定资产投资会对自身产生显著影响,说明固定资产投资在区域创新系统中主要起基础支撑作用。(5)R&D经费内部支出对专利授权数无显著影响,R&D经费内部支出在创新系统中转化为经济效益会有一定的滞后,但仍然会对技术市场成交额的增加产生一定的促进作用。