随着科技的发展和社会的进步，专业化分工越来越明显，非专业人士很难对专业领域的问题进行识别和判定。面对刑事案件中晦涩复杂的专业问题，要想准确认定案件事实，借助专业人士的鉴定意见成为一种必然。在司法实践中，鉴定意见确实在认定案件事实，减少冤假错案方面发挥了重要的作用。然而鉴定意见并不是鉴定专家的科学判决，切不可在庭审中对其盲目信任，只有经过质证和认证环节的鉴定意见才有可能成为定案依据。长期以来，由于我国法律对鉴定制度的规定相对较少，鉴定意见的质证和认证都缺乏明确的法律规定，导致鉴定意见的适用过程存在诸多问题，如：鉴定意见的质证过程形式化，认证过程中法官过于依赖鉴定意见，没有专家辅助人制度等。为了改善这种不利局面，我国2012年颁布的新《刑事诉讼法》对鉴定制度进行了较大幅度的改革，包括改变了对鉴定结果的称谓，将“鉴定结论”改称为“鉴定意见”，完善了鉴定人出庭的相关规定，创设了专家辅助人制度等，这些规定无疑使我国的司法鉴定制度更加完善，为鉴定意见的适用提供了更加充分的保障。然而，受我国司法传统和鉴定制度发展程度的影响，鉴定意见在适用中仍然存在一些固有的弊端，这也是我们今后改革应该着重关注的问题。与我国不同，两大法系国家一直都十分认重视对鉴定意见（专家证言）的研究，经过长期的司法实践，形成了相对完善的鉴定意见（专家证言）的质证和认证体系。大陆法系国家法官在质证过程中发挥着重要作用，支配着质证的进程，在认证中并无明确的认证规则可遵循，英美法系国家的质证坚持自由对抗的原则，认证中有相对明确的认证审查规则。两大法系国家在鉴定意见质证、认证中虽然存在很大不同，但是随着时间的发展，也在不断地相互借鉴和融合，给我们国家鉴定意见的适用提供了很多有益启示。本文的研究正是在我国鉴定意见适用不断改革发展的背景下展开的，在学习和借鉴两大法系国家关于鉴定意见适用方面有益做法的同时，分析出我国现在鉴定意见适用中存在的问题与不足，并从质证制度、认证制度、配套设施建设等方面为我国鉴定意见适用提供有益探索。