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中华绒螯蟹是我国特有的经济水产品种,在我国天然水域的分布非常普遍。然而因为过分捕捞、围垦造田、水域环境污染等人为活动的干扰,以及横穿长江的大型水利工程建设施工,中华绒螯蟹天然的生长和洄游的栖息环境遭到严重的破坏,野生种群的丰度逐年锐减。为了补充中华绒螯蟹的种群数量和修复受损的天然栖息地环境,近十几年来长江中下游各个省市都采取了人工增殖放流的措施,特别是长江口水域的亲蟹增殖放流活动取得了良好的效果。目前,关于长江口中华绒螯蟹亲蟹增殖放流活动的研究报道大都集中在标志方法和苗种大小的优化选择和适宜放流区域、时间及数量的探究等方面,对中华绒螯蟹增殖放流效果评估的方法也较为传统,主要是采用放流个体标记与回捕率分析,增殖放流的效果究竟怎样、放流群体和野生群体之间的遗传关系如何、放流群体是否会改变自然水域野生群体的遗传多样性等问题引起了相关科研工作者的广泛关注。本研究利用线粒体基因组的两个区段分子标记对长江口中华绒螯蟹亲蟹的遗传多样性进行了比较分析,并对其增值放流效果的评估进行了研究与探讨。主要的研究结果如下:1.长江口中华绒螯蟹放流与野生亲蟹的遗传学比较研究为了探讨长江口中华绒螯蟹亲蟹的两个群体(放流活动人工繁育和自然水域野生)遗传多样性和遗传结构的差异比较,对77个放流与野生亲蟹样本进行了线粒体COI基因序列的比较分析,研究结果表明:两个群体共检测出37个变异位点(V),其中简约信息位点(P)5个,15种单倍型中Hap-1共享单倍型出现频率最大;两个群体整体的单倍型多样性指数(H)为0.825,核苷酸多样性指数(π)为0.00466,平均核苷酸变异数(K)为2.910,单独分析的野生群体单倍型多样性指数(0.833)和核苷酸多样性指数(0.00770)均高于放流群体(0.810和0.00211);AMOVA分子方差分析显示长江口中华绒螯蟹放流与野生群体总的遗传变异主要来自群体内,其中96.53%的遗传变异来自群体内,仅有3.47%的遗传变异来自群体间;两个群体间的遗传分化指数(FST)为0.03466(P>0.05),说明两个群体遗传分化不显著;两个群体间的基因流(Nm)为13.93(Nm>1),表明放流群体和野生群体的基因交流较为频繁。2.基于线粒体D-loop标记识别长江口中华绒螯蟹非放流个体通过放流亲蟹与回捕蟹共计149个中华绒螯蟹样本的线粒体控制区(D-loop)单倍型的比对分析,对所有的回捕蟹样本进行了非放流个体分子水平的筛选。先将所有群体视作一个组群进行单倍型比对时,119只回捕蟹中有33只未在放流亲蟹群体中找到对应单倍型的个体,将其记为非放流个体,占回捕蟹总数的27.73%;再将回捕蟹群体按照回捕水域的不同划分为4个群体(CS1、CS2、CS3、CS4),基于D-loop单倍型的比对分析得到相应群体的非放流个体比例分别为31.03%,22.67%,23.33%和22.15%。研究结果表明:尽管不同回捕水域出现了非放流个体比例的差异,但是借以传统的标志重捕法(套环和标签双重标记)计算的回捕率作为参考值,非放流个体鉴定准确率相对较高,根据线粒体D-loop的单倍型比对分析进行非放流个体的筛选方法是准确有效的,能够在中华绒螯蟹亲蟹增殖放流效果评价的初步研究中得以应用。3.基于线粒体DNA分子标记的长江口中华绒螯蟹增殖放流效果评价利用线粒体DNA分子标记技术对放流亲蟹(样本采自2014年长江口中华绒螯蟹亲蟹放流活动)和野生幼蟹(样本采自2015年长江口中华绒螯蟹的产卵场调查捕获的野生蟹)共计72个个体的线粒体COI和D-loop基因分别进行了序列分析与比较,研究结果表明:线粒体COI和D-loop基因的碱基构成中A+T的比例远远高于G+C的比例,都表现出了明显的碱基组成偏倚性;基于线粒体D-loop序列分析得到的两个群体整体的变异位点数、单倍型数、单倍型多样性、核苷酸多样性及平均核苷酸变异数均高出基于线粒体COI序列分析得到的结果,两个基因片段序列分析的结果均显示长江口中华绒螯蟹的遗传多样性相对较高,且遗传多样性水平放流亲蟹群体要略低于野生子代群体,线粒体D-loop与COI基因均可作为检测中华绒螯蟹群体遗传多样性的有效标记,但线粒体D-loop作为分析中华绒螯蟹群体间遗传多样的敏感度要高于COI基因;基于COI和D-loop基因序列的AMOVA分析结果显示放流亲蟹与野生子代群体总的遗传变异都有高达98%以上来自群体内,两个群体间遗传分化指数(FST)相对较低,分别为0.01424(P>0.05)和0.00490(P>0.05),并没有出现明显的遗传分化,说明当前长江口的增殖放流活动中华绒螯蟹亲本对野生子代的遗传多样性和遗传结构没有造成影响。