青藏高原是我国植物多样性和特有性最高的地区，其中横断山区由于复杂的地质变迁历史和独特的地貌已成为研究物种多样性的一个热点．全缘叶绿绒蒿是分布于青藏高原及其周边地区的高山植物，该物种的谱系生物地理学研究不仅有助于揭示横断山区的物种分化机制及地理分布格局的形成过程，而且有助于探讨青藏高原隆升及新生代晚期气候变化对横断山区物种遗传结构的影响。　　 本研究对全缘叶绿绒蒿的12个群体、153个个体的叶绿体DNA trnS-trnfM片段进行了序列测定，比对校正后该片段的长度为877-962bp，其中含6个突变位点和5个插入缺失(两个7bp，两个39bp，一个6bp)．报据这些变异，可分为12种叶绿体单倍型(H1-H12)。全缘叶绿绒蒿在物种水平上的核苷酸多态性分别为π=0.00152和θ=0.00122，单倍型多样性为HE为0.791，群体之间的遗传分化系数FST为0.46579。中性检测结果显示无论在物种水平还是在群体水平，都没有显著偏离中性模式，说明该物种近期没有经历明显的瓶颈效应或奠基者效应等历史事件。我们从地理上将全缘叶绿绒蒿的群体分为四个地区，即云南、川西、川北和青海地区。AMOVA分析显示群体间的遗传分化系数FST为0.46579，大多数的核苷酸多态性来自群体内(53.42％)，其次来自于地区内的群体间(40.44%)，而四个地区之间的分化非常小，仅占6.14%。失配分析显示在整个物种的分布范围内呈现单峰式祥(r=0.0475，P=0.07924)，这种分布虽然是不显著的，但P值接近显著的临界，说明可能存在不明显的扩散，但在各个地区内的群体都没有扩散的迹象。　　 比较单倍型的地理分布和单倍型之间的进化关系，发现川西和川北地区存在明显差异，这两个地区都拥有比较古老的单倍型，也具有地区特异的稀有单倍型，因此很可能是全缘叶绿绒蒿在冰期时的避难所．云南地区只具有一个古老单倍型H1，这种分布可能是由川西和川北避难所的南迁造成的，也可能该地区自身就是古老单倍型H1的发源地。青海地区只有两种古老的单倍型，由于冰期后物种有往高纬度迁移的趋势，因此这个地区的单倍型可能是在冰期后由川西和川北迁移过去的。全缘叶绿绒蒿在横断山区单倍型的片段化分布及多个避难所的存在可能与该地区独特的高山低谷相间地貌以及受多次冰期影响有密切关系．