进入本世纪以来,通用航空逐渐成为社会关注的焦点。国家战略角度而言,通用航空成为战略性新兴产业;国民经济角度而言,通用航空成为新的经济增长点;国计民生角度而言,通用航空成为应急救援的重要组成部分;人民生活角度而言,通用航空成为承载航空文化的重要平台。此背景下,我国正在审批以及运营中的通用航空企业数量均呈现快速增长势头,但我们也要清醒的认识到现阶段我国通用航空企业总体运营效率不高,究其原因主要有以下三个方面:1、通用航空企业起步阶段各项政策和保障不健全2、通用航空市场未完全形成3、通用航空企业自身的运营效率不高,缺乏一套科学的运营成本控制方法。本文研究目的在于探索一种适合我国当前阶段通用航空企业运营成本控制的方法,作者通过运用数据包络理论、灰色预测理论以及作业成本理论三种理论设计出适用于现阶段我国通用航空企业的双层面成本控制方法。此种方法首先利用数据包络法对通用航空企业进行效率测度,通过测度结果对成本数据进行调整,然后运用灰色预测法结合调整后的成本数据对目标成本进行科学预测,从而制定企业将来某个会计区间的目标成本。对于某项具体业务的成本控制采取作业成本法进行科学的成本核算,从而有效避免低效甚至无效业务作业来有效降低运营成本。通过此种双层面的运营成本控制方法能够及时发现我国现阶段通用航空企业运营成本控制过程中存在的问题,促使企业采取相应措施提高企业运营效率。本文所提出的运营成本控制方法经实证分析论证对当前我国通用航空企业运营成本能够起到科学、合理、有效的控制,进而能够大大提升现阶段我国通用航空企业的整体竞争力。