随着我国产业结构的不断调整和经济水平的不断提升,自主创新的发展受到高度重视。企业作为市场经济主体,其自主创新能力的增强对提高我国创新水平和综合竞争力有着重要意义,也是企业成长和进步的重要条件。企业自主创新不仅需要企业自身的创新,更需要来自金融体系的支持。当前对企业自主创新金融支持的研究颇多,但以合肥、芜湖、蚌埠三市作为研究对象的成果尚不多见。和国外相对健全的金融体系相比,合芜蚌业自主创新中的金融支持体系还存在很多不足之处。本文首先对企业自主创新的含义、特征以及企业自主创新中金融支持的理论加以分析,为文章的研究提供理论依据。其次分析了支持企业自主创新的金融主体,影响金融支持的要素和支持自主创新的金融行为、方法。然后通过搜集合芜蚌区域的相关资料以及整理相关数据,利用效率评价DEA模型对合芜蚌金融支持企业自主创新的效率进行了评价分析,并总结分析了合芜蚌企业自主创新中金融支持困境。最后通过借鉴国外完善的企业金融支持体系的经验,针对合芜蚌企业自主创新中的金融支持效率和融资困境以及政策法规瓶颈问题提出合理化的建议。