黄牛PTHRP、GHRH和GHRHR基因SNP及其与生长性状关联分析

来源 :西北农林科技大学 西北农林科技大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ericxinstar
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本研究采用PCR-SSCP和DNA测序技术,检测了南阳牛、秦川牛和郏县红牛3个群体共476个个体的3个与生长发育相关基因(PTHRP、GHRH和GHRHR)的遗传变异,分析了其遗传结构和遗传多样性,并将多态位点与南阳牛、秦川牛和郏县红牛群体的生长性状进行了相关分析,以检验这些基因的多态对3个黄牛群体生长发育的遗传效应,以期发现对重要经济性状具有显著效应的遗传标记,为中国黄牛的高效选育和分子标记数据库的建立、种质资源保存及利用提供遗传学依据。本研究获得了以下结果:1. PTHRP基因多态性分析研究了3个群体PTHRP基因5’UTR、外显子1、外显子2和3’UTR共四个位点,这四个区域相对于内含子来说非常保守,PTHRP基因本身也是一个保守基因,因此在这四个位点上未检测到多态。2. GHRH基因多态性及其与南阳牛、秦川牛和郏县红牛生长性状关联分析研究了3个群体的GHRH基因GHRH1~GHRH4共4个基因座,在GHRH2和GHRH4基因座首次检测到3个SNP(4984G>C9282C>A和9290T>C与AF242855对照),全部位于非编码区。各群体这3个SNP的多态信息含量小于0.25,属于低度多态。基因型分布卡方独立性检验显示,在GHRH2基因座三个肉牛品种间的差异不显著,在GHRH4基因座三个肉牛品种之间的差异极显著(P<0.001)。未检测到外显子上多态。GHRH基因GHRH2多态位点与3个群体生长性状相关分析表明:与郏县红牛和秦川牛生长性状无显著相关,与南阳牛6月龄体重、体斜长和胸围和0~6月龄平均日增重显著相关,GG型个体高于GC型个体(P<0.05);GHRH4基因座在秦川牛群体中未检测到多态,该多态位点与郏县红牛生长性状之间无显著相关,与南阳牛生长性状显著相关,AB型个体在6月龄体高和胸围、12月龄体重、胸围和体斜长、18月龄体斜长和24月龄体重、体高、18-24月龄平均日增重、胸围和体斜长指标上均值高于AA型个体(P<0.05);BC型个体在6月龄坐骨端宽、12月龄胸围、体斜长和坐骨端宽、18月龄胸围和坐骨端宽和24月龄体重、体高、18-24月龄平均日增重、胸围、体斜长和坐骨端宽指标上均值都高于AA型个体(P<0.05)。3. GHRHR基因多态性及其与南阳牛、秦川牛和郏县红牛生长性状关联分析共研究了3个群体GHRHR基因4个基因座。3’侧翼区和外显子4区共发现2个新的SNP (265678G>A和261155G>T),在内含子3和内含子7区共发现8个新的SNP(261285C>T、261309C>A、261338 A>G、258908G>A、258914T>A、258975G>C、258988G>A和259000G>A与NW001494911对照)。基因型分布卡方独立性检验显示,在GR1基因座三个肉牛品种间的差异不显著,在GR3基因座三个肉牛品种之间的差异显著(P<0.01)。GHRHR基因GR1多态位点与3个群体生长性状的相关分析表明,该多态与秦川牛生长性状无显著相关,与郏县红牛管围显著相关,GG型个体高于GA型个体(P<0.01),与南阳牛6月龄体重、体斜长和0~6月龄平均日增重显著相关,GA型个体高于GG型个体(P<0.05);GR3多态位点与郏县红牛生长性状之间无显著相关,与南阳牛12月龄体重和6~12月龄平均日增重显著相关,AA型个体高于AB型个体(P<0.01),与秦川牛体高,十字部高、体斜长、腰角宽、胸围、尻长和体重显著相关,AA型个体高于AB型个体和AC型个体,而且AA型个体与AB型个体除体斜长(P<0.05)在其余指标上都是差异极显著(P<0.01);GR4基因座只在南阳牛群体中检测到多态,该多态位点在6月龄指标上BC型个体的胸围均值高于BB型个体的均值(P<0.05),在18月龄AB型个体体高指标高于AC型个体,体斜长和坐骨端宽指标上BC型个体高于AB型个体(P<0.05);AC型个体在18-24月龄平均日增重指标上高于AB型、BB型和BC型个体(P<0.05)。
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