本研究首先应用层次分析法建立了芍药属植物的综合评价模型，构造出判断矩阵并进行一致性检验，得到各矩阵的权重值并应用熵技术对其进行修正，在确定各评价指标评分标准的基础上，对沈阳地区的102个芍药属品种进行了综合评价。根据综合评价结果，从中筛选出20个（牡丹、芍药品种各10个）表现最优良的芍药属品种，应用基于调查性状的形态标记、基于ISSR-PCR反应的分子标记方法对其进行研究，以揭示出这些芍药属品种间的遗传多样性与亲缘关系。旨在为沈阳地区园林绿化中芍药属植物的应用提供建议，为芍药属植物育种中优良亲本的选择提供依据，为芍药属植物种植资源的构建提供一定的理论依据。研究中所得到的结论如下：1.102个芍药属品种经综合评价后被划分为4个等级。综合评价值为Ⅰ级的牡丹品种有7种、芍药品种为4种，这些芍药属品种的花色非常纯正，花型均为高级花型，花径均比较大，生长势强健，是园林绿化应用及芍药属育种亲本的首选；综合评价值为Ⅱ级的牡丹品种有8种、芍药品种为24种，这些芍药属品种的观赏性及适应性均较强，值得在园林绿化及芍药属育种中推广应用；综合评价值为Ⅲ级的牡丹品种有11种、芍药品种为37种，这些芍药属品种的综合表现一般，能基本适应沈阳地区的气候条件，在园林应用中可作适当考虑；综合评价值为Ⅳ级的牡丹品种有4种、芍药品种为7种，这些芍药属品种色彩不够明艳，花瓣轮数较少，美化效果不强，且大多数品种的生长势较弱，在园林绿化中的应用价值不大。2.本研究在形态学水平上，应用形态分类学的研究方法对20个芍药属品种的遗传多样性与亲缘关系进行了研究。数据分析的方法采用聚类分析和主成分分析，具体结论如下：牡丹品种间与芍药品种间都具有丰富的遗传多样性，且芍药品种间比牡丹品种间的遗传多样性更丰富；由聚类分析的结果可以看出，牡丹品种与芍药品种被明显地划分为2大类，第1大类牡丹品种可进一步被分成2组，第2大类芍药品种也可进一步被分为2组；由主成分分析的结果可以看出，第1大类牡丹品种可进一步被分成3组，第2大类芍药品种也可进一步被分成3组；原产地和花期在牡丹品种分类中具有重要作用，而花色在芍药品种分类中起到重要的作用。3.本研究在分子水平上，应用ISSR-PCR反应的结果对20个芍药属品种的遗传多样性与亲缘关系进行了研究。数据分析的方法采用聚类分析和主成分分析，具体结论如下：牡丹品种间具有较丰富的遗传多样性，芍药品种间的遗传多样性的丰富度相对较低；由聚类分析的结果可以看出，牡丹品种与芍药品种被明显地划分为2大类，第1大类牡丹品种可进一步被分成2组，第2大类芍药品种也可进一步被分为2组；由主成分分析的结果可以看出，第1大类牡丹品种可进一步被分成3组，第2大类芍药品种可进一步被分成2组；原产地在牡丹品种分类中具有重要作用，而花色和花期在芍药品种分类中起到重要的作用；中原牡丹品种与日本牡丹品种之间具有较近的亲缘关系。4.总体来看，形态学分析与分子标记研究的结果具有一定的相关性，但又存在着一定程度的差异。从分类的角度看，形态学研究与分子标记的分类结果大体上是一致的，只是在小的分支上存在着较小的差异。形态学分析与分子标记研究的结果都表明了牡丹品种与芍药品种被明显地划分为2大类，这正符合了传统的芍药属植物组间划分原则。形态学研究表明牡丹品种间与芍药品种间都具有丰富的遗传多样性，且芍药品种比牡丹品种的遗传多样性更丰富；而分子标记的研究表明牡丹品种间具有较丰富的遗传多样性，而芍药品种间的遗传多样性的丰富度相对较低。