后妃制度是后宫制度的主要组成部分,包括皇后制度与妃嫔制度两大部分。后妃制度依存于封建皇帝制度,也是伴随皇帝制度产生并为其所独有的。魏晋南北朝时期皇后选立与其他朝代最大的不同之处在于皇后选纳时非常重视出身门第且政治联姻频繁。纳后册后礼仪从两晋时期开始,始终处于不断的完善状态,越来越详细、完备。此间也是后宫妃嫔位号进行细微调整变化的一段时期,西晋时确立三夫人、九嫔的具体名位等级,此后南朝只是在个别等级顺序或名称上略作调整。北朝附会周礼,与南朝虽位号或有不同,实质上大同小异。妃嫔的选纳变得更为变通和复杂,有正规采选、臣民进献、家属犯罪籍没而充入宫掖的,还有战争俘虏的和少数民族间一些政治联姻。更重要的是,妃嫔的出身低贱化和复杂化,从上层高门士族之女,到下层屠夫贱户之女各层次的都有,且在民族融合的过程中,少数民族出身的妃嫔数量增多。皇后、皇太后因其职责所在也会有其正常的日常政治活动,如亲桑先蚕、见于太庙、拜陵、中宫受朝会、管理后宫、会见外戚家属、为皇帝选妃、劝诫辅助皇帝等。后妃临朝称制在东晋主要是庾太后和褚太后,在北朝主要是冯太后与胡太后。魏晋南朝时期采取了一些积极的预防措施,减少了后妃干政的机会和干政的危害。而北魏的“子贵母死”制度虽减少了皇帝生母干政和外戚专权的可能性,却给保太后与嫡母太后干政的机会,仍不能避免后妃干政。