建设科技创新型城市离不开城市内部创新主体的科研活动。随着创新活动复杂化、研发成本上升,合作创新成为创新活动的主要形式。因此,从科研合作的角度,研究科技创新型城市内部创新主体的合作绩效和合作网络,对提高创新主体的创新能力,推动科技创新型城市建设具有重要意义。本文以分析科研合作与创新能力的关系为切入点,首先对科技创新型城市内部创新主体不同科研模式的创新绩效进行计量分析,指出构建科研合作网络的必要性；然后考察科技创新型城市内部创新主体的空间特征,阐明构建科研合作网络的基础条件；最后,从网络整体和网络细部全面剖析科技创新型城市内部科研合作网络的特征,明确现行网络的优势和缺陷。基于上述研究工作,本文得到如下主要结论：(1)科技创新型城市内部创新主体的科研合作绩效不理想。创新主体内部研发绩效远高于科研合作,并且表现稳健。不同科研合作模式的创新绩效不同。企业间合作能显著增加新产品销售收入,但对专利产出为负向影响；校企合作对新产品销售收入和专利产出的影响都不显著,对新产品销售收入的影响甚至为负值；科企合作对两种产出类型的影响显著性也不高,对新产品销售收入的影响为正,对专利产出影响为负。构建完善的内部科研合作网络可以在一定程度上解决科技创新型城市内部创新主体科研合作失效的问题。(2)科技创新型城市内部创新主体具有空间集聚与耦合特性。科技创新型城市内部高新技术企业呈现内密外疏的圈层模式,高科技产业园区是企业的集聚区,企业紧靠城区主干道分布,不同技术领域的企业各自在一定的区域集聚。高校和科研机构也具有圈层分布和交通可达性特征。创新主体的空间耦合体现在：高新技术企业、高校和科研机构的核心集聚区都比较接近,三者的中心趋势和方向趋势也趋于一致;企业在高校和科研机构周边集聚能产生创新的集聚效应。创新主体的空间集聚与耦合为科技创新型城市构建内部科研合作网络奠定了基础。(3)科技创新型城市内部科研合作网络优势与缺陷并存。科技创新型城市内部存在密度偏低的庞大的科研合作网络,企业合作具有“脆弱性”；合作领域集中于自然科学,学科和行业相近的机构合作紧密；网络是多核心结构,核心机构以研究型大学、科研机构和大型企业为主,中小企业大都处于边缘位置；网络具有小世界特征；网络内部划分为各具特色的子群,子群内部及子群之间均有不同程度的合作,但是沟通子群的“中间人”比较欠缺；网络中存在一些响应城市产业特色和学科优势的合作子网,子网核心节点为特定的几所高校或少数企业和科研机构；网络整体具有一定的稳健性,但关键节点缺失会使网络濒临崩溃。根据研究结果,必须注重科技创新型城市内部创新主体科研合作绩效问题,利用创新主体空间集聚与耦合特性构建合作网络,加强合作网络的优势,同时针对网络缺陷采取措施,优化合作网络,提高创新绩效,推动科技创新型城市建设。