《政府信息公开条例》的实施,是我国政府工作在透明化和公开化程度上的重大提升。《法治政府建设实施纲要》确立了政府政务要坚持以公开为常态、不公开为例外的原则,公众的知情权得到进一步的保障。但是我们也应该清醒的认识到,在政府信息公开的过程中大量的信息可能牵涉到公民的个人隐私,这些隐私信息是否公开会让政府陷入两难的境地。虽然《政府信息公开条例》中对个人隐私信息做出相关规定,涉及个人隐私信息的以相对不公开为原则。但是,在处理政府信息公开和隐私权的保护这个问题上仍然缺乏明确的标准和尺度。政府所掌握的信息有些是可以公开的,有些则不可以公开。目前《政府信息公开条例》并没有完善的保护隐私权的配套措施。鉴于此,本文从政府信息公开与隐私权相关概念出发,讨论了政府信息公开中公共利益与隐私利益的权衡,保护隐私权的程序构建,隐私权人的反向诉讼与赔偿。本文通过三个案例论述了公共利益与隐私利益的权衡标准与原则,政府在公开隐私信息前的审查机制,法院应主动审查程序性事项以及隐私权的侵权赔偿,通过这些方面来讨论如何有效的保护政府信息公开中的个人隐私权,以此促进《政府信息公开条例》的完善。建立健全隐私权的保护制度在理论上和实践上都具有重大意义。其理论上的意义在于:政府信息公开中的隐私权保护是公法与私法的交叉学科,把行政法与其他学科结合起来,拓展隐私权研究的理论深度,为政府信息公开中的隐私权保护提供更好的制度基础保障。其现实意义在于,促进政府信息公开的制度化,使政府更好地平衡公众知情权和个人隐私权的关系,根据合法行政、合理行政、程序正当的原则,使行政机关的行为更加符合法治政府建设的要求,以此推动国家的法治进程。