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分子动力学程序是用来模拟生物分子的行为并研究它们的结构和功能。当问题的规模固定时，分子动力学程序需要达到非常好的可扩展性。NAMD是一个可扩展的分子动力学软件，在很多的大型计算机上它的性能都得到了非常好的验证。红神(RedNeurons)MPU第一版是由16个PowerPC MPC8548的处理器以3D torus(4x2x2)的形式连接而成。它是由邓越凡教授主持设计，由上海红神公司开发团队开发的。在本文中，我们主要说明NAMD软件在红神MPU第一版中的性能，并将其和由以太网连接起来的传统集群的性能进行比较。在传统的集群上使用16个CPU的效率只有40.7％，而在MPU上同样程序的效率却可以达到97.2％。效率的提高主要是由我们所使用的3D torus网络拓扑结构和RapidIO通信网络。这个结果一方面验证了红神MPU的设计，另一方面对以后MPU性能的提高提供好的建议。