吕留良的学术思想,是以尊崇朱学为特质的儒学思想。以往学界的研究主要是择取吕留良的某一方面思想来进行分析,整体评述吕留良儒学思想的并不多见,文章以此为切入点,运用文献研究和比较研究的方法,从宏观上对吕留良选文活动及黜王尊朱、倡言义利、严防华夷的儒学思想展开论述,分析其思想发展的内在理路。明清易代,面对深重的社会危机和民族危机,吕留良开始反思明亡的惨痛教训。他以选文为工具开始整治当前崇尚功利、空虚不实的学风,并将选文作为学术生涯的展开方式,贯穿其一生。在吕留良看来,明朝覆亡的根源就在“王学”,是“王学”的空谈心性导致了世道的崩坏,因此,治乱的首要任务就是正心。他从“心”“体”与“事理”的角度对“王学”展开了批判,提出了“心不可以为学”“独不可以言体”的观点。“破旧”的同时,吕留良还面临“立新”的问题,于是,作为集理学之大成的朱熹,成了他高举的救世旗帜。吕留良认为,唯有“朱学”才能作为救世的学说,并从“立身行己”和“诚意正心”两个角度论证了倡言“朱学”的合理性。在解决“学风”“人心”“治乱”的现实问题之后,面对尖锐的民族危机,吕留良顺势将其思想的价值追求归结到夷夏之防的民族思想上。他以“义源于心”“以义辟利”的主张来明辨义利,强调“节义”的重要性。并将这种“节义”上升到国家和民族层面,主张要“严夷夏之防”。吕留良的思想,具有浓厚的“经世致用”色彩,是那个时代学术变迁与民族矛盾的集中反映。他的思想,是易代之际学术的一种典型,是变化中的朱学,是结合了时代需求、乃至孔孟精神的儒学思想。