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目的:本研究旨在利用全基因组表达谱芯片技术,分析非综合征型唇腭裂(nonsyndromic cleft lip with or without palate,NSCL/P)患儿与正常儿童基因表达的差异,筛选出差异表达基因,为进一步研究及探讨非综合征型唇腭裂相关基因在NSCL/P发生发展过程中的作用及机制打下基础。方法:1.收集重庆医科大学附属儿童医院烧伤整形外科13例非综合征型唇腭裂患儿(病例组)及6例因腭部外伤等手术的非畸形患儿(对照组)腭部粘膜及粘膜下组织。2.采用离心柱法分别提取病例组和对照组腭部粘膜及粘膜下组织各3例的总RNA,经纯化后逆转录为cDNA,利用荧光染料(Cy3)标记aaUTP,转录合成标记的c RNA,经纯化及质检后与Agilent4×44k人类全基因组表达谱芯片杂交,扫描荧光信号图像,对芯片原始数据进行处理,利用倍数差异和t检验筛选NSCL/P的差异表达基因,并对差异表达基因进行GO及KEGG分析,进而进行功能学分类,初步分析差异基因的生物学功能。3.选取5个差异表达基因,应用实时荧光PCR技术验证芯片结果的可靠性。结果:1.应用芯片差异显著性分析(significance analysis of microarray,SAM)软件,按差异倍数值(FC)≥2或者≤0.5、T-test p-value<0.05为显著性差异标准,筛选出差异表达基因共254个,其中表达上调的有151个,表达下调的有103个。2.对筛选出来的差异表达基因进行GO功能分类,发现差异表达的基因主要与蛋白结合、细胞物质代谢、膜腔内侧的构成、基于体细胞重组免疫受体的适应性免疫应答的正调节等有关。KEGG pathway分析结果显示差异基因主要涉及细胞吞噬、细胞粘附、酒精中毒等。3.选取5条差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证,ADH1C(t=5.132,P=0.000)、RDH10(t=2.960,P=0.039)、HIST1H2BD(t=4.446,P=0.001)3条基因表达下调,KAT2B(t=-4.945,P=0.000)、FOSB(t=-3.666,P=0.005)2条基因表达上调,差异有统计学意义,且与芯片结果表达趋势一致。结论:基因芯片是一种高效的筛选NSCL/P患儿与正常儿童差异表达基因的方法,本研究利用基因芯片,发现NSCL/P患儿与正常儿童腭部粘膜及粘膜下组织的基因表达存在明显差异,筛选出的差异基因可能与非综合征型唇腭裂的发生发展密切相关。筛选出的大量信息可为该病的生物学过程设定一个限制,在有限的范围内挑选感兴趣的基因,并对其进行深入的分子水平的研究,有助于阐明NSCL/P的发病机制,为疾病的预防提供理论依据。