“985工程”大学承担着推动我国高等教育整体水平跃升、实现跨越式发展的重要责任,其在保障高等教育质量、提升大学管理能力、学科建设和人才培养等方面发挥着重要作用。“985工程”建设成败的关键之一在于大学内部组织结构与体系的变革,大学组织结构和体系的运行是建立在大学内部机构设置的基础之上的,因此构建科学的、匹配的大学内部机构是“985工程”大学的建设和发展内在需要,亦是高等教育管理职能发挥的有效保障。应然的“985工程”大学内部机构设置以组织结构理论为理论基础,遵循大学内部机构设置发展演变的内部逻辑,并在充分借鉴国外大学内部机构设置先进性的基础上,构建适应自身发展需求的科学高效的内部机构设置框架。然而“985工程”大学内部机构设置实然的状况中存有种种不足之处,集中表现在管理机构行政化现象严重,机构设置庞杂臃肿,权责不分效率低下,缺乏有效地监督评价机制,院系科研系统单位划分不尽合理,内部学术科研机构类型单一,学术组织功能薄弱,学术权力与行政权力失衡等几个方面。调整与优化“985工程”大学的内部机构设置应首先明确各系统机构的价值取向：学院机构、管理机构、科研机构应分别秉承教学育人、服务高效、学术创新的取向。此外,“985工程”大学内部机构设置应遵循相应的原则,具体包括具有普遍意义的适应性与一致性原则、权变性与俱进性原则、科学性与合理性原则,以及具体的内部管理机构党政分工整合系统的原则、院系机构需要特色的原则、学术科研机构民主创新的原则等等。具体到调整与优化的策略层面,优化“985工程”大学现有内部机构设置的策略包括转变旧有管理理念；管理机构去行政化、整合现有管理机构设置,合理人员配备、明确划分权责；规范行政管理权力、加强学术权力；优化院系结构划分；加强学术科研机构职能；健全相应的竞争、制衡、监督、绩效评估体系等几个方面。