作为现代社会中重要的组织机构之一,军工科研院所的社会职能己经超越了国防科研与装备建设,与社会经济发生了难以割裂的联系,服务社会经济建设逐渐成为军工科研院所的重要职能。军工科研院所作为科研力量中的国家队,其科技创新职能的实施状况,及其与产业部门等其他社会组织之间的联系,对于一个国家的创新能力和可持续发展具有举足轻重的影响。在外部的多重压力、内部科学发展需求以及工业化、信息化和知识化的多重挑战面前,军工科研院所能否充分发挥自身的作用,对于正在实施和平崛起战略的中国尤为重要。但是,迄今为止,国内学术界尚未对此问题开展专门而系统的研究。作为国家创新体系中的一个重要主体,拥有较大人力资源优势和政策优势的军工科研院所在我国国防现代化建设进程中起到了至关重要的作用。尤其在进入新世纪以后,从军民结合逐步向军民融合转变,使得军工科研院所以更复杂的方式参与国家创新体系成为必然——军工科研院所不仅是创新体系中作为军事技术与装备提供者的典型代表,而且通过积极参与民用技术和产业的开发,形成与民用产业界的广泛互动,日益深入地参与到国家创新体系建设中。本论文从军工科研院所在国家创新体系建设中地位和作用的影响因素入手,对我国军工科研院所在国家创新体系中的职能以及与其他主体的关系问题进行了较为深入的归纳分析。在此基础上,提出了若干条政策建议,主要包括:重构国家创新体系中各主体的关系,解决军工科研院所定位问题、深化军工科研院所体制机制改革、建立多元化的军工科研院所产权体系、深入推进军民融合等。