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新城疫(ND)是由新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)引起的鸡的高度接触性传染病,是禽类重要的疫病之一。NDV是单股不分节的负链RNA病毒,属于副粘病毒科。全基因组长度约为15kb,分别编码核衣壳蛋白(NP)、磷蛋白(P)、基质蛋白(M)、融合蛋白(F)、血凝素-神经氨酸酶(HN)及聚合酶蛋白(L)等6个主要蛋白。
1、按照常规的病毒分离培养、血凝试验(HA)、血凝抑制试验(HI)等实验室诊断技术,对所采集的64份疑似ND病料进行了处理,初步鉴定其中17份病例感染了NDV,ND检出率约为26.6％。初步统计结果表明,不同品种不同日龄的鸡只,ND发病存在一定的差异。经蚀斑纯化分离出NDV HN09-68和HN09-83株,并对其致病指数MDT和ICPI进行了测定,HN09-68的MDT和ICPI值分别为53h和1.75,HN09-83株的MDT和ICPI值分别为59.5h和1.95,由此判定两分离株均为新城疫病毒强毒毒株。
2、依据GenBank中公布的新城疫病毒的相关全基因组序列,设计14对特异性引物,运用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增HN09-68和HN09-83两分离株的基因序列,运用DNASTARSeqMan软件进行全基因序列的拼接。经序列分析可知,两株分离株基因组长度均为15192个核苷酸,基因组长度符合“六碱基法则”,两毒株核苷酸同源性为98.6％。基因组5’端长度为55nt,3’端长度为114nt;各基因之间插入1～47nt；两毒株在NP基因非编码区比疫苗株LaSota株长6nt;F蛋白裂解位点推导序列均为“12R-R-Q-K-R-F117”,具备新城疫强毒的分子特征,与其MDT及ICPI毒力指数相符；HN基因ORF均编码571aa,其中347位点由E突变为K；两分离株其各基因在其编码区及非编码区均发生了一定的变异,大多突变属于无义突变。两分离株各基因核苷酸同源性对比发现,两分离株与国内部分NDV强毒分离株亲缘关系较近,而同国外及部分疫苗株同源性较低,说明我国NDV的流行趋于统一,并有着自身的地域特色。