水稻顶端穗退化往往会导致秃尖现象的发生，因而带来穗粒数减少，单株产量降低，低结实率，产量大幅下降。因此，引起了许多育种家的重视，但其遗传基础并不十分清晰。本实验利用SSR和INDEL分子标记技术结合BSA分析法来对顶端小穗退化突变体tsr基因定位和候选基因的克隆。主要研究结果如下：　　(1)tsr突变体穗顶部的颖花发育不完整，在成熟的后期这些发育不完整的颖花变干脱落，呈现形态上的秃穗。与原品种168比较，tsr突变体的株高较矮，稻穗变小、粒数减少、结实率降低，且存在包颈现象。　　(2)遗传分析表明，该顶端小穗退化突变体受一对隐性核基因控制。　　(3)将顶端小穗退化突变体与籼稻品种5364s杂交后自交的F2代作为定位群体。采用BSA和SSR分子标记相结合的方法将穗退化基因初步定位在第3号染色体短臂RM157A处。　　(4)通过Indel引物的设计，最终将穗退化基因精细定位在两个紧密连锁的Indel分子标记hc42和hc58的67kb之间，该区间共有9个候选基因。　　(5)对候选基因Os03g0319300和Os03g0320000测序，结果发现Os03g0320000基因的第129氨基酸位点发生C→G的点突变，由丙氨酸变为甘氨酸。