棚户区改造是保障性安居工程建设的重要组成部分,是改善困难家庭住房条件的一项重大民生工程、发展工程。由于拆迁补偿、土地出让、货币安置等涉及利益巨大,受制于制度不健全、监管不到位,一些政府单位和个人采取编造虚假资料、与公职人员内外勾结等手段借机谋利的问题时有发生,这就要求审计机关要加强对保障性安居工程的审计,加强关注棚户区改造问题以及带来的影响。本文利用文献法和案例法对棚户区改造跟踪审计进行了研究。其支撑的理论依据是以公共受托责任理论为基础,以国家审计“免疫系统”、新公共管理理论为导向的理论基础。通过阅读分析大量国内外相关文献,对保障性安居工程及棚户区改造、政府审计在棚改中的职责、跟踪审计及城市棚户区改造跟踪审计这四部分做出文总结。为本文进行案例分析提供参考性建议。本文的案例背景基础是审计署规划的大型年度性保障性安居工程审计项目,属于政府审计范畴,棚户区改造审计内容做为重点组成部分之一具有其本身代表性。以2016年度B区保障性安居工程审计项目为背景,选取棚户区改造跟踪审计各阶段内容,分析棚户区改造审计的实践内容和方法,剖析B区棚户区改造中存在的资金使用及资源分配等问题,就其为加强审计效果和后续审计工作规范提供分析基础。本文案例分析了棚户区改造跟踪审计的三个跟踪审计阶段,分别是包含立项和融取资金的前期阶段审计、棚户区拆迁项目审计以及安置住房阶段的后期审计。通过研究法分析发现的问题主要有,政策审计不完整;前期审计效率低,审计力度不足;征地拆迁审计没有具体实施方案;安置住房审计跟踪审计范围过窄。导致这些审计问题的原因既有我国宏观法规上的缺乏也有审计组织的不合理和审计人员的专业素养不足等问题。本文第五部门结合第四部分各阶段审计工作中的问题及原因分析给与建议,希望提出的对策和建议具有普适性,能推广至全国范围内,对棚户区改造跟踪审计产生积极性指导作用,对完善我国相关理论研究和在实践中加快城市棚户区改造进度具有一定意义。