一个物种遗传多样性的高低与其对环境适应能力、生存能力和进化潜能紧密相联。因此，了解已是濒危物种的松江鲈群体遗传多样性，对其保护与管理策略的制定具有重要意义。现有报道尚难以全面、客观地反映中国现有松江鲈的遗传多样性现状。本研究以松江鲈(Trachidermus fasciatus)鸭绿江(YL)、滦河(LR)、山东黄河入海口(YR)、富春江(FR)等4个群体为研究对象，利用RAPD-SCAR标记、微卫星DNA和细胞色素b基因序列，分别从核基因和细胞质基因角度分析松江鲈群体的遗传多样性、遗传结构和种群分化，研究结果将为松江鲈种质资源的保护与利用、种群鉴别提供分子生物学上的基础资料主要研究结果如下：1、松江鲈群体遗传多样性的RAPD分析和SCAR标记的转化首先，从294条10个碱基随机引物中，筛选出32条多态性引物，对富春江、黄河、滦河和鸭绿江等4个松江鲈群体共120尾个体进行RAPD分析。结果表明，松江鲈群体的遗传多样性较丰富，其主要表现在：①在扩增得到的591个位点中，有515个(87.14%)位点呈现多态性，群体间多态位点比率(P)的大小顺序为：富春江群体89.17%>黄河群体87.99%>鸭绿江群体86.63%>滦河群体83.25%。②松江鲈群体间的Shannon信息指数(I)和Nei’s遗传多样性指数(H)分别在0.3393~0.3566和0.2157~0.2279间，滦河群体的值较其他3群体稍低；若作为一个整体，则总的Shannon信息指数(I)和Nei’s遗传多样性指数(H)分别为0.3710±0.2153和0.2336±0.1643。③虽然群体间基因流值(Nm)在5.76103～19.84497间，显示各地理群体间存在程度不同的基因交流，但分子方差分析(AMOVA)结果却表明，各群体间存在显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)的遗传分化。④聚类分析表明，鸭绿江群体首先与黄河群体聚为一支，再与富春江群体相聚，最后与单独一支的滦河群体聚类，表明鸭绿江、黄河、富春江等3群体间的遗传距离与彼此间的地理距离远近密切相关，而滦河群体与它们的遗传距离较远。其次，从获得的S1225525bp、S1225605bp、S1225841bp、S1345695bp、S1345825bp等5个特异RAPD条带中,成功地由S1225605bp、S1225841bp条带分别转化出SCAR01560bp、SCAR02443bp的SCAR标记。这两个标记的出现频率，在鸭绿江群体最高(96.67%和93.33%)、富春江群体其次(83.33%和90%)、黄河群体再其次（56.67%和66.67%)、滦河群体最低(13.33%和20%)。因此，SCAR01560bp、SCAR02443bp可作为鉴别松江鲈滦河群体与其他3群体的分子标记。2、松江鲈微卫星标记的开发及群体遗传变异分析(1)应用生物素-磁珠富集法，开发松江鲈的微卫星分子标记。共挑选222个克隆，经菌液PCR检测后得到158个为阳性克隆。经测序后得到129条微卫星序列，其中完美型占45.74%（59），非完美型占45.74%（59），混合型占8.52%（11）。选取两端侧翼序列足够长且重复次数大于7的微卫星序列，用软件PrimerPremier3.0设计引物，共60对。经YR群体和YL群体各30尾样本检测后，发现其中的19对引物表现出多态性，表现在：等位基因数在10~20之间，观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）分别为0.8000~1.000和0.8513~0.9497，多态信息含量（PIC）在0.8230~0.9300（P>0.5）之间。表明这19个微卫星标记适合作为检测松江鲈群体遗传变异的分子标记。(2)利用19对微卫星引物，对FR、YR、LR和YL等4个松江鲈群体的遗传变异进行分析。结果表明，所有位点均表现为高度多态性，PIC值在0.7179~0.9300之间（PIC>0.5），4个群体的平均等位基因数（Na）为13.9474~14.8421，平均有效等位基因数（Ne）为9.3877~9.9143，平均观测（Ho）和期望杂合度（He）分别为0.8668~0.9117和0.8966~0.9111，说明4个松江鲈群体的遗传多样性较丰富。虽然群体间存在一定的基因交流（Nm为9.36412~15.94901)，但是分子方差分析（AMOVA）的结果却显示，4群体间存在极显著的遗传分化（P<0.01）。遗传偏离指数（D）表明，4群体间普遍存在杂合子缺失和过剩的现象。UPGMA聚类分析表明，黄河群体首先和鸭绿江群体相聚，再与富春江群体聚为一支，最后和单独为一支的滦河群体相聚，表明LR群体与其它3个群体的遗传距离较远。3、基于线粒体Cytb基因序列的松江鲈群体遗传多样性分析基于长度为1141bp的线粒体DNA细胞色素b（Cyt b）基因全序列，我们分析了4个松江鲈群体的遗传多样性。从120尾样本中，共获得53个单倍型。检测到总变异位点58个，其中单碱基变异位点39个、简约信息位点19个。4个群体均呈现出高单倍型多样性(0.786~0.947)和低核苷酸多样性（0.001283~0.003177)的现象。群体间遗传距离为0.00120~0.00341，YR和LR群体间的遗传距离最小（0.00120），而YL与其它3群体的遗传距离较远（0.00275~0.00341）。聚类分析（NJ树）表明，所有单倍型虽聚为两支，但未按照地理区域形成明显的单系群。分子方差分析(AMOVA)的结果却表明，各群体间存在显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)的遗传分化，遗传变异主要来自群体内部（78.02%）。Fu和Li氏检验、Tajima氏D检验及核苷酸不配对分布均表明，松江鲈可能经历种群快速扩张过程。