近年来,国家对教育部直属高校财政拨款的一个显著特点就是专项资金拨款的比重逐年上升,财政资金投入的这种变化极大地促进了教育部直属高校在教学质量、科学研究、服务质量等方面的快速发展,极大的提升了教育部直属高校的国际竞争力。但由于专项资金预算执行起步较晚,随着教育部直属高校可支配专项资金数量的日益增大,其在专项资金管理过程中的问题也日渐显露,如虚报专项项目、挪用专项资金等问题。目前对于教育部直属高校专项资金的精细化和体系化管理仍然处于探索阶段,因此在专项项目实施和管理过程的各个环节不可避免地存在着一些突出问题需要进一步的改进的地方。各直属高校应建立更加完善的内部控制管理制度,发挥对专项资金的监管作用,确保各类专项资金经费的合理使用。本文以教育部直属高校内部控制理论为切入点,首先明确内部控制和专项资金的相关概念,并对教育部直属高校专项资金的类型、资金管理的模式及专项资金制度建设情况进行了简要分析。重点从内部控制角度阐述了教育部直属高校在专项资金管理中存在的问题及原因。本文根据上述分析,给出了如何在内部控制视角下加强专项资金管理的建议,并认为加强教育部直属高校专项经费管理是一项长期而必须的工作,高校应不断完善内部控制制度以确保专项资金的有效运行。