杨树STS分子标记检测和抗黑斑病的SCAR标记研究

来源 :南京林业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xinliping
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以美洲黑杨(Populus deltoides Bartr.“Lux”(I-69/55)为母本,欧美杨(P.euramericana cv.(I-45)为父本得到的F1子代群体187个无性系为材料,开展杨树STS分子标记检测和抗黑斑病的SCAR标记研究,同时对PCR-SSCP分析条件进行优化,取得了以下几个方面的进展: 1.分别从胶浓度、交联度、甘油的有无、电压和电泳温度等几个方面对影响PCR-SSCP结果稳定性因素进行了探讨,结果表明:胶浓度、电压和电泳温度是影响PCR-SSCP结果稳定性的重要因素,不同大小片段应采用不同的胶浓度、恒定低温(小于10℃)和低压(小于200V)下进行电泳; 2.采用PCR-SSCP分析方法,用F1代187个无性系对29对STS引物进行分析,筛选了3对有多态性的STS标记:Win3,p164,P770,每个标记取杂合型及纯合型共四个无性系(2个亲本,2个子代),每个无性系挑一个克隆进行测序,并且将所得序列用Clustal w和Blastn软件进行在线分析,结果表明: Win3标记四条序列长分别为45:255bp,69:254bp,116:255bp,117:256bp。Clustal w分析结果显示45、69、116、117四条序列之间主要是第148个碱基(116和117分别比45、69多了一个A和G)、第163个碱基(117多了一个T)和第168个碱基(A转换成G)存在差异;Blastn分析结果表明该序列与毛果杨伤诱导表达的gwin3基因、杨属H11-11色氨酸蛋白酶抑制子(win3.12基因)以及黑杨的win3标记(168bp)有很高的同源性。 p164标记四条序列45、69、01、06长均为164bp,只在第124个碱基位置存在一个碱基的差异(A转换成G)。Blastn分析未发现其同源序列。 P770标记四条序列长分别为:45:643bp,69:641bp,08:651bp,10:650bp。Clustal w分析表明:45、69、08、10四条序列间差异较大。Blastn分析未发现其同源序列。 3.将与杨树抗黑斑病基因相连锁的RAPD标记:OPA117-1550、OPA113-900,成功地转化成显性的SCAR标记(SA117-1)和共显性的SCAR标记(SA113-2),并对感病池、抗病池和F1代90个无性系进行了SCAR标记检测,在抗病池和F1代无性系的OPA117-1550阳性植株中扩增出了一条与预期结果相符的特异性条带,而感病池和F1代无性系OPA117-1550阴性植株中没有带,在抗病池和F1代无性系的OPA113-900阳性植株中扩增出了两条带,而在感病池和F1代无性系的OPA113-900阴性植株中只有一条带。 Southern杂交表明:抗病池中不同的OPA117-1550阳性植株、OPA113-900阳性植株序列之间分别是同源的,且基因组内也存在OPA117-1550和OPA113-900的同源序列。
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