改革开放以来,我国市场化进程加速推进,创新投入逐年增加,市场化进程如何影响创新效率的提高成为关注的热点。对此,本文基于我国31个省(自治区,直辖市)2003-2017年的数据,将创新过程分为技术创新阶段和成果转化阶段。一是利运用DEA-Malquist指数方法测度了我国各区域创新效率值,发现:我国技术创新阶段综合效率呈一定程度下降趋势,但在成果转化阶段综合效率呈增长趋势;在技术创新效率阶段,技术进步指数的降低阻碍了综合效率的提高;而在成果转化阶段,技术进步指数的增高又显著推动了综合效率的提高。二是对两阶段效率的收敛性分析表明:我国在两个阶段创新效率总体上是收敛的,但不同区域创新收敛速度不同;在技术创新阶段,东部地区效率收敛情况好于中西部地区;而在成果转化阶段,中西部地区效率收敛情况好于东部地区。三是通过构建普通面板回归模型发现:市场化在创新的两个阶段对创新效率均有一定的促进作用,尤其是在成果转化阶段,市场化的促进作用更加突出,而在技术创新阶段,市场化对创新效率的作用存在一定的区域差异,在市场化程度整体较高的东部地区和市场化程度整体较低的西部地区具有显著的促进作用,但在中部地区不明显。四是市场化指数和创新资源禀赋指数的交互项系数均显著为正,表明在两个阶段,市场化对创新资源禀赋均具有正向的调节作用,在市场化程度更高的地区,创新资源禀赋对创新效率的促进作用更强。五是通过对两阶段的门槛效应分析,发现当处于技术创新阶段时,市场化程度处于较低的门槛水平时创新资源禀赋对技术创新效率具有显著的抑制作用,反之,市场化程度处于较高门槛水平时创新资源禀赋对技术创新效率具有促进作用。