“三权分置”是针对农村土地的现状开启的新一轮土地改革,本文研究的家庭联产承包责任制方式下的农地入股农民专业合作社的问题也是在该视角下进行,首先介绍农村土地承包经营权入股的基本理论,这部分包括对“三权分置”概念的解读和该视角下的法律关系的辨析,之后介绍几种在我国有代表性的农村土地承包经营权入股模式即南海模式、昆山模式、重庆模式、浙江模式,通过这几种模式的介绍并从中总结出不足,进而分析当前我国农村土地入股农民专业合作社的法律困境和制度上的困境,最后针对当前农村土地承包经营权入股农民专业合作社存在的困境提出自己的建议和措施,因而本文主要分为四个部分,本着提出问题、分析问题、解决问题的基本模式进行文章的布局,本文重点在于讨论农地入股农民专业合作社后农民的权利义务问题,结合当前的改革实践,就如何完善相关法律法规和配套机制,对农民和农民专业合作社之间的权利、义务关系进行明晰和定位,并以更好的维护农民利益和促进农民专业合作社的发展为目的,希望对完善我国农民专业合作社的理论提供自己的绵薄之力。