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肝素酶(heparinlyase或heparinase)是指一类能够特异性裂解肝素和硫酸乙酰肝素主链糖苷键的酶。肝素酶Ⅱ是肝素黄杆菌(Flavobacteriumheparinum)合成的其中一种肝素酶，在研究和临床方面都有巨大的价值。
本实验将黄杆菌肝素酶Ⅱ基因重组到pET-28a(+)载体质粒上，将构建好的重组质粒导入到大肠杆菌中进行了表达，得到了有酶活性的目的蛋白。活性为0.61U/ml。
中性的低离子强度的缓冲液以及重组肝素酶Ⅱ自身所带的His-Tag标签使酶蛋白能分别与Ni-NTAAgarose柱和DEAE-SepharoseF.F.柱结合，因此对所得的粗酶液分别用Ni-NTAAgarose柱和DEAE-SepharoseF.F.柱进行了分离和纯化，结果显示两种柱层析都有酶活峰，并在DEAE-SepharoseF.F.柱层析后得到了清楚的目标蛋白条带。
对肝素酶Ⅱ粗酶液进行了性质研究，改进了酶的测活方法，使测活时间缩短了50％。实验结果表明该酶最适反应温度为30℃，最适pH为7.0，最适盐离子浓度为250mM，Cu2+对酶活略有激活效应。