光绪三年(1877年),清政府恢复了在吐鲁番地区的统治,吐鲁番厅建置也随之恢复,清政府颁给“吐鲁番同知兼管理事回民事务之关防”,与善后局并存。吐鲁番厅隶属镇迪道,下辖吐鲁番巡检与辟展巡检,管理吐鲁番地区的民政事务,是该地最高行政机构。吐鲁番厅刚恢复建置时内设有各房总经书、礼兵刑房、吏工房、户仓房、仓房、承发房、官代书七个办公机构,后增添了翻译回文毛拉、粮仓帮办毛拉、通事三个办公人员。吐鲁番同知的施政管理体现在基层头目的任免管理、禀公审断汉回交涉词讼、主管粮食的收缴调拨及运送等、申赍及分发饷银、移交相关知会文件等方面。吐鲁番厅的建设与治理使得饱受兵燹吐鲁番社会经济及文化得到一定的发展,经济方面,除大力发展屯田及瓜果、棉葡等种植业外,蚕桑业也发展迅速,至光绪八年(1882年),吐鲁番蚕桑业发展已具有一定规模,已有六个分局;教育方面,设立义塾及学堂兴办教育;医疗卫生方面,设立牛痘局有助于人们预防天花,延年益寿;社会保障方面,建立养济院收养鳏寡孤独及残疾无告之人;通讯方面,设立驿站与电线为传递军情和保持通讯通畅,加强吐鲁番与外界联系,是新疆交通通讯的重要组成部分。吐鲁番厅这一系列的建设与举措有助于吐鲁番地区的社会发展。吐鲁番厅的建置与有效运转有助于吐鲁番在行政建置上与内地一致,使得清政府加强对吐鲁番地区的管理与建设。