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不同的饲养环境是影响猪肠道菌群多样性的重要因素,肠道菌群结构在猪免疫防御、营养代谢等方面起到至关重要的作用。目前林下养殖和圈舍养殖模式较为流行,但关于饲养模式对猪肠道菌群结构的作用与特点等相关研究却甚少,影响这些模式在市场上的有效推广和实践应用。本研究选择林下养殖和圈舍养殖两种肥育猪饲养模式,其中圈养采用场方常规水泥地饲养形式,选择常规饲粮,林下养殖模式采用结合补饲常规饲粮;供试猪选择淮猪(H)和杜长大(DLY)杂交猪,供试猪试验开始前进行去势、驱虫和防疫处理;试验期3个月,90kg-100kg体重屠宰时采集圈舍养殖和林下养殖两种模式的淮猪(H)和杜长大(DLY)杂交猪各3份(共12份)肠道粪便样本,利用试剂盒提取基因组DNA,通过Illumina高通量测序技术对16s rDNA基因的V4可变区进行测序并分析。研究表明:1.淮猪肠道菌群由15个门,15个纲,18个目,27个科,31个属的细菌群落组成,三元杂交猪由16个门,17个纲,19个目,29个科,32个属细菌群落组成。两种猪的猪肠道菌群具有明显的差异性,三元杂交猪比淮猪的肠道菌群更具有多样性。2.不同饲养模式猪肠道粪便微生物具有较高的多样性,所有样本共检测出1133个物种。林下养殖猪肠道菌群由15个门,17个纲,19个目,29个科,32个属的细菌群落组成,圈养的猪肠道菌群由15个门,17个纲,18个目,27个科,29个属的细菌群落组成。两种饲养模式下的猪肠道菌群差异明显,林下散养的猪比圈养的猪肠道菌群更具有多样性。3.检测获得的菌群主要分15大门:拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌(Actinobacteria)、拟杆菌(Bacteroidetes)、衣原体(Chlamydiae)、梭菌门(Fusobacteria)、无壁菌类(Tenericutes)、疣微菌(Verrucomicrobia)和螺旋体门(Spirochaetes等,其中拟杆菌门、厚壁菌门比例最高,为肠道内的优势菌。但两种菌群在不同饲养模式的丰度具有差异性,拟杆菌门在林下散养的淮猪中相对丰度最高(62.22%),在圈养的DLY中相对丰度最低(33.42%)(P<0.01)。