本研究使用福建农林大学菌物研究中心保藏的草菇品种45个作为亲本筛选菌株,将草菇试管种进行活化,送到漳州农科院和福州长乐进行床栽出菇实验,收集出菇农艺形状数据,结合两地的出菇数据,筛选出出菇农艺性状较好的五个草菇种V0045、V0062、V0073、V0032、V0053(屏优)作为杂交育种亲本。使用RAPD、ISSR、SRAP分子标记对出菇菌株进行聚类分析,采用Jaccard聚类平均法(UPGMA)进行聚类分析,自动生成各菌株的遗传聚类关系图。其中亲本菌株V0053和V0062亲缘关系很近,V0045与V0062、V0073、V0032、V0053亲缘关系较远,我们选择V0045与其它菌株进行配对,理论上能够体现杂交育种的优势。收集草菇V0045与V0062、V0073、V0032、V0053的孢子,每个种挑取20根单孢菌株。随机选择配对6个组合,配对后转管、培养、筛选培养筛选得到350个新种,将筛选得到的菌株进行继代培养,筛选稳定菌株260个,将获得的草菇菌株活化培养进行出菇试验。通过菌株出菇试验,收集农艺性状数据,筛选优良菌株42个,利用RAPD、ISSR分子标记进行验证新的草菇优势菌株6个,同时对草菇出菇杂菌污染进行分析,为以后草菇研究补充了一些新的材料。