环境行政执法与刑事司法制度的突出问题是行政执法与刑事司法衔接不畅。本文目的是通过分析当前衔接不畅问题的具体表现形式及其成因,提出相关对策建议以应对环境保护挑战。在对制度基本概念进行界定的基础上深入挖掘制度背后行政权、司法权与法律监督权的关系,并建议以同步协调原则为指导原则。通过分析涉罪案件移送现状,总结出行政机关向公安机关移送案件不积极的问题;公安机关受理移送案件后存在有案难立问题,案件移送再度受阻;反向移送案件相关规定不完善,导致双向衔接受阻。证据衔接方面,存在不同类型证据类型难以转化以及行政执法证据难以满足刑事诉讼程序的问题。衔接工作机制运行方面存在信息共享平台未充分发挥作用,联动工作机制未能形成常态长效机制的问题。衔接不畅的成因方面,立法层面存在环境违法行为与环境犯罪界定难、移送步骤、移送标准以及移送后执法状态等程序性规定不明等原因;部门主观因素方面存在受外部干预及缺乏移送意识导致移送积极性不高等原因;检察监督方面存在检察机关的移送监督缺乏法律依据、监督方式缺乏有效性导致检察监督不力等原因。最后针对上述问题提出了完善环境行刑衔接制度的相关规定、强化环保部门的移送责任、推行联合工作机制、优化证据衔接制度、完善监督机制以及推进信息共享平台的建设等方面的对策建议。