疾病、基因变异与药物关系知识库的构建研究

来源 :哈尔滨工业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:shenkefang
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
由于平台独立性和全球可访问性的不断提高,基于Web的信息系统的普及使得大量Web应用程序出现。本项目主要介绍并实现了一个用于搜索疾病、基因变异、药物之间关系的Web信息系统。我们使用Pharm GKB数据和CT数据库(Comparative Toxicogenomics Database)构建了一个基于Web应用的原型知识库,主要用于搜索疾病、基因变异和药物之间的关系。设计实现这一系统的主要目的是允许用户通过搜索疾病名称、药物名称或基因符号来方便地查询有关药物、疾病和基因关系的信息视图。本项目使用PHP-HTML脚本创建了具有10个数据表的My SQL数据库,相关数据从数据库中抽取并在Web界面上显示信息。其中,该关系以表格文本和网络这两种形式呈现。在表格中用于呈现关系的规则与在网络中使用的规则不同,主要体现在表格考虑了数据库中每个可用的搜索查询结果的展示方式,无论搜索结果与数据库中的另一项相关或不相关,均显示搜索结果。在智能可视化方面,Cytoscape Web插件使用了JQuery脚本文件进行网络演示。只有在搜索的对象与其他两个不同的查询实体相关的情况下才会展示网络,例如,搜索疾病时所展示的网络必须与药物和基因有关。本项目所建立的数据库包含了492380条疾病、变异基因和药物之间的关系。我们还利用igraph在R编程中进一步分析了可用数据,并使用Cytoscape软件进行可视化处理。使用随机网络模型,进行网络数据分析以链接药物,疾病和基因之间的关系。该方法可用于辅助疾病诊断、治疗和药物发现。网络特性表明,在大多数子网络中,节点的度大致遵循幂律分布。结果表明,如果基因在基因网络中占据重要的拓扑位置,其相关的药物和疾病分别在药物-药物网络和疾病-疾病网络中的作用起到关键作用。在今后的工作中,通过映射疾病本体,来自不同数据库的数据将大幅度增加,从而反映相关领域的新发展和进步。
其他文献
中国古代史传作品历史悠久,它的出现可以追溯到甲骨文、钟鼎铭文.自<尚书>以后,古人所谓"六经皆史",所指不仅就内容具有史料价值而言,也有形式和体制上的依据.从<左传>、<国
目的 探讨缺氧诱导因子(HIF-1α)、水通道蛋白(AQP4)在缺氧缺血性脑病(HIE)患儿脑脊液中的表达水平及意义。方法 收集诊治的 80 例 HIE 新生儿作为研究对象,并选取我院同期行腰椎穿
在城市发展的进程中,总是以先宏观后微观的发展视角去规划,而现今社会,城市的整体宏观规划已初步完成,人们的需求也已不再是简单的温饱,精神意识层面的需求亟待解决。城市中
针对大推力氢氧补燃循环发动机,使用模块化故障仿真方法,对发动机多种典型故障进行了仿真研究,为建立液体火箭发动机健康监控系统奠定了基础;首先,介绍了大推力氢氧补燃循环
&#39;非物质文化遗产&#39;这一新的概念现已逐渐被人们所知晓。作为音乐教师,也应加强对非物质文化遗产的了解,明白自己在传承和保护非物质文化遗产中的特殊地位,并发挥积极
为了研究液体火箭发动机试验富燃燃气安全处理方法,确保发动机试验过程的安全,通过对未来大推力氢氧发动机高模试验关键参数设计,确定富氢燃气补氧燃烧方案,并在此基础上建立
目的:检测炎症性肠病(IBD)患者外周血清中可溶性CD40L(sCD40L)水平,并探讨其在疾病发生过程中的临床意义.方法:收集12例克罗恩病、42例溃疡性结肠炎和34例健康者的外周血,离心分离血清
注意力平台存在复杂的“双边性”,导致理论界和实务界在界定注意力平台相关市场时产生了很多的分歧。这些分歧来源于对注意力平台的商业模式不够了解、对竞争性约束的把握不
为了分析阀芯均压槽对液压滑阀微米级径向配合间隙内固体颗粒物分布的影响,建立含有不同均压槽的间隙流场二维轴对称模型,采用Fluent欧拉-欧拉液固两相流模型对配合间隙内流
目的探讨失效模式与效应分析(FMEA)在妇科手术患者术后疼痛管理中运用的效果。方法成立FMEA管理小组,分析妇科手术患者术后疼痛管理流程中容易发生失效环节,分析出引起妇科手