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本文结合了粗粒化分子动力学方法和耗散分子动力学方法的优势，采用一种混合分子动力学(CGH-MD)的方法来模拟经过粗粒化后的DNA分子在带有倾角的微纳米沟道中的迁移过程。通过研究粗粒化后的DNA珠子在微纳米沟道中的构象变化、DNA珠子的迁移率、DNA珠子在微纳米沟道交界处克服的自由能壁垒等相关问题，验证了在熵受限的微纳米沟道模型中，长链的DNA分子要比短链的DNA分子迁移得快这一结论。并且，进一步对引起这一现象的各种原因进行了分析研究，其中包括，DNA珠子大小的影响，沟道两端的电场强度大小的影响，以及沟道壁电渗流的影响作用。我们研究DNA分子在微纳米沟道中的不同迁移状态，对制造和优化微纳米设备是具有指导意义的，也为其他的生物大分子的筛分和纯化技术提供了理论支持。